Davon abgesehen: Was hast du fuer "minimal"-Upgrades das das bisschen Paketinfo-Einlesen bevor aptitude dann startet, dich stoert? Denn der Vorgang des Pakete installierens kann bei beiden Programmen nicht unterschiedlich schnell vonstatten gehen, da keines der beiden das selbst vornimmt.
Keine Ahnung. Ich hatte eine Phase, wo aptitude upgrade langsam war oder gar eine Fehlermeldung ausspuckte, währen apt-get update schnell durchlief. Vielleicht war es auch nur Zufall -- ich hatte keine Zeit (bzw. nicht genug Kenntnis) für Ursachenforschung.