Peut-être une autre piste: Dans votre fichier de conf, vous chargez (dans la partie commentée) apparemment un module compilé sur le poste ("insmod /root/ipp2p-0.8.2/ipt_ipp2p.o"). Là où je veux en venir, c'est que si plusieurs modules Netfilter ont été installés de la sorte et sont utilisés, vous tenez peut-être la source de vos soucis: certains modules sont plus ou moins stables. Il se peut que l'un d'eux plante et fasse planter toutes les connexions.
Ce module n'a pas été installé dans le système Ubuntu Server (kernel 2.6) et les problemes persistent. Ben.