Про то, что отдельный /usr постепенно отламывают, даже в информации о выпуске stretch было упомянуто:
Та при нынешних объемах дисков оно просто бессмысленно. Я вообще делаю бут, потом все остальное нарезаю лвм-ом, в лвм-е делаю 3 партишина - root и var_log по 20 гигов, swap на 2 гига. Если под что-то надо место - создаю с минимальным размером, потом добавляю, если надо. Ресайз на увеличение работает на лету, на уменьшение - проблемно.