[RFR] wml://devel/debian-med/microbio.wml
Bonjour tout le monde,
Dans le patch ci-joint, une typo a été corrigée, une description de
paquet (EMBOSS) a juste été déplacée, et tout le reste est nouveau.
Merci d'avances pour vos relectures !
--
Charles Plessy
http://charles.plessy.org
Wako, Saitama, Japan
? microbio.wml.patch
Index: microbio.wml
===================================================================
RCS file: /cvs/webwml/webwml/french/devel/debian-med/microbio.wml,v
retrieving revision 1.18
diff -u -r1.18 microbio.wml
--- microbio.wml 27 Jun 2007 01:40:32 -0000 1.18
+++ microbio.wml 26 Jul 2007 13:28:12 -0000
@@ -1,6 +1,6 @@
<define-tag pagetitle>Debian-Med : Biologie moléculaire et génétique</define-tag>
-#use wml::debian::translation-check translation="1.76" maintainer="Charles Plessy"
+#use wml::debian::translation-check translation="1.80" maintainer="Charles Plessy"
#use wml::debian::debian-cdd CDD="Debian-Med"
#$Id: microbio.wml,v 1.18 2007/06/27 01:40:32 charles-guest Exp $
@@ -143,6 +143,69 @@
pénalités d'insertion ou d'extension.
</project>
+
+<project name="EMBOSS"
+ url="http://www.emboss.org/";
+ license="GPL/LGPL"
+ deb="http://packages.debian.org/unstable/science/emboss";>
+ <p>
+
+ <a href="http://www.emboss.org/";>EMBOSS</a> (<q><em>E</em>uropean
+ <em>M</em>olecular <em>B</em>iology <em>O</em>pen <em>S</em>oftware
+ <em>S</em>uite</q>) est un nouvel ensemble de logiciels libres pour l'analyse
+ de séquences spécialement écrits pour les besoins des biologistes moléculaires
+ (comme chez <a href="http://www.embnet.org/";>EMBnet</a>). Les logiciels
+ se débrouillent avec des données dans divers formats et permettent même de
+ télécharger des séquences depuis la Toile de manière transparente. De plus,
+ comme ce paquet est livré avec des bibliothèques très fournies, c'est aussi
+ une plate-forme permettant à d'autre scientifiques d'écrire et produire
+ des logiciels dans le véritable esprit du libre. EMBOSS intègre aussi dans
+ un ensemble cohérent des logiciels et des outils disponibles autrement.
+ EMBOSS brise la tendance
+ <a href="http://www.emboss.org/history.html";>historique</a>
+ vers la marchandisation des logiciels
+ d'analyse de séquence.
+ </p>
+ <p>La suite EMBOSS</p>
+ <ul>
+ <li>
+ fournit un ensemble complet de programmes d'analyse
+ de séquence (une centaine) ;
+ </li>
+ <li>fournit des bibliothèques, AJAX et NUCLEUS ;</li>
+ <li>intègre des paquets disponibles indépendamment ;</li>
+ <li>encourage l'utilisation d'EMBOSS pour l'enseignement de l'analyse de séquence ;</li>
+ <li>encourage les développeurs à utiliser les bibliothèques EMBOSS ailleurs ;</li>
+ <li>fonctionne sur toutes les plates-formes Unix classiques, comme Linux,
+ Digital Unix, Irix, Tru64Unix et Solaris.</li>
+ </ul>
+ <p>
+ Avec EMBOSS, vous trouverez plus de cent programmes, couvrant les
+ domaines suivants :
+ </p>
+ <ul>
+ <li>l'alignement de séquence ;</li>
+ <li>l'interrogation rapide de banques de données avec des patrons de séquence ;</li>
+ <li>l'identification de motifs protéiques et l'analyse de domaines ;</li>
+ <li>l'analyse de motifs de séquences nucléotidiques, par exemple pour identifier
+ des îlots CpG ou des répétitions ;</li>
+ <li>l'analyse de l'utilisation des codons dans les petits génomes ;</li>
+ <li>l'identification rapide de motifs dans des grands ensembles de séquences ;</li>
+ <li>des outils pour présenter les résultats en vue d'une publication ;</li>
+ <li>et bien plus...</li>
+ </ul>
+</project>
+
+
+<project name="emboss-explorer"
+ url="http://embossgui.sourceforge.net/";
+ license="Artistic and Perl"
+ deb="http://packages.debian.org/unstable/science/emboss-explorer";>
+ EMBOSS explorer est une interface web pour la suite bioinformatique EMBOSS.
+ Elle est écrite en Perl.
+</project>
+
+
<project name="e-PCR"
url="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/sts/epcr.cgi";
license="Public Domain"
@@ -657,7 +720,7 @@
TeXshade est un programme d'ombrage d'alignement écrit en TeX/LaTeX qui
peut prendre en charge des alignements multiples de séquences aux formats
.MSF ou .ALN. Il fournit en plus des algorithmes d'ombrage classiques d'autres
- modes mettant en valeur des aspects fonctionnels, comme l'hydopathie,
+ modes mettant en valeur des aspects fonctionnels, comme l'hydropathie,
et une multitude de commandes pour contrôler la couleur, les styles, les
annotations, les légendes, et permet même à l'utilisateur de définir
des nouveaux modes d'ombrage. TeXshade combine la plus haute flexibilité
@@ -733,6 +796,49 @@
</project>
+<project name="Wise2"
+ url="http://www.ebi.ac.uk/Wise2/";
+ license="GPL"
+ deb="http://packages.debian.org/unstable/science/wise";>
+
+ Wise2 est un paquet spécialisé dans la comparaison de biopolymères, en
+ particulier l'ADN et les protéines. Beaucoup d'autres paquets ont des
+ fonctions similaires, comme BLAST (du NCBI) ou Fasta (par Bill Pearson).
+ D'autres encore, comme le paquet HMMER (Sean Eddy), ou le paquet SAM
+ (Université de Californie Santa Cruz) se concentrent sur la modélisation des
+ biopolymères par des automates de Markov à états cachés ( abrégé <q>HMM</q>
+ en anglais).
+
+ Le point fort de Wise2 est la comparaison de séquences d'ADN en tenant compte
+ des peptides qui sont codés en elles. Ce type de comparaison permet la
+ prédiction simultanée de la structure d'un gène avec l'alignement. Il n'y a
+ pour le moment à notre connaissance aucun autre paquet contenant un tel
+ algorithme combinant la prédiction de gènes et la modélisation de domaines
+ protéiques par des automates de Markov à états cachés.
+
+ Wise2 contient aussi d'autres algorithmes, tel le vénérable algorithme de
+ Smith et Waterman, de plus récents comme celui de Stephen Altschul
+ généralisant les pénalités d'extension, ou même des algorithmes encore en
+ phase de test comme <q>dba</q>. Le développement de ces algorithmes est aisé
+ dans un environnement tel que celui de Wise2.
+
+ Wise2 a été écrit de manière à être réutilisable et maintenable. Bien qu'il
+ sont écrit en pur langage C, on peut accéder à ses fonctionnalités via Perl.
+ Des parties de ce paquet, voire le paquet entier, peuvent être utilisés par
+ d'autres programmes en C ou en C++ sans risquer des collisions de noms de
+ variables car chaque variable exportée est préfixée par un identifiant Wise2
+ unique. L'ouverture vers Java et CORBA est en cours de considération, voir
+ la documentation sur l'interface de programmation pour plus de renseignements
+ à ce sujet.
+
+ Enfin, bien qu'écrit en C, Wise2 utilise beaucoup le langage de génération de
+ code <q>Dynamite</q>. Dynamite a été écrit pour ce projet, par Ewan Birney.
+ La documentation de Dynamite se trouve sur le web à l'adresse suivante :
+ <a
+ href="http://www.sanger.ac.uk/Software/Dynamite";>http://www.sanger.ac.uk/Software/Dynamite</a>
+</project>
+
+
######################################################################
## Available as an inofficial Debian package
######################################################################
@@ -810,56 +916,16 @@
</project>
-<project name="EMBOSS"
- url="http://www.emboss.org/";
- license="GPL/LGPL"
- deb="http://debian.bioinformatics.unsw.edu.au/packages/";>
- <p>
-
- <a href="http://www.emboss.org/";>EMBOSS</a> (<q><em>E</em>uropean
- <em>M</em>olecular <em>B</em>iology <em>O</em>pen <em>S</em>oftware
- <em>S</em>uite</q>) est un nouvel ensemble de logiciels libres pour l'analyse
- de séquences spécialement écrits pour les besoins des biologistes moléculaires
- (comme chez <a href="http://www.embnet.org/";>EMBnet</a>). Les logiciels
- se débrouillent avec des données dans divers formats et permettent même de
- télécharger des séquences depuis la Toile de manière transparente. De plus,
- comme ce paquet est livré avec des bibliothèques très fournies, c'est aussi
- une plate-forme permettant à d'autre scientifiques d'écrire et produire
- des logiciels dans le véritable esprit du libre. EMBOSS intègre aussi dans
- un ensemble cohérent des logiciels et des outils disponibles autrement.
- EMBOSS brise la tendance
- <a href="http://www.emboss.org/history.html";>historique</a>
- vers la marchandisation des logiciels
- d'analyse de séquence.
- </p>
- <p>La suite EMBOSS</p>
- <ul>
- <li>
- fournit un ensemble complet de programmes d'analyse
- de séquence (une centaine) ;
- </li>
- <li>fournit des bibliothèques, AJAX et NUCLEUS ;</li>
- <li>intègre des paquets disponibles indépendamment ;</li>
- <li>encourage l'utilisation d'EMBOSS pour l'enseignement de l'analyse de séquence ;</li>
- <li>encourage les développeurs à utiliser les bibliothèques EMBOSS ailleurs ;</li>
- <li>fonctionne sur toutes les plates-formes Unix classiques, comme Linux,
- Digital Unix, Irix, Tru64Unix et Solaris.</li>
- </ul>
- <p>
- Avec EMBOSS, vous trouverez plus de cent programmes, couvrant les
- domaines suivants :
- </p>
- <ul>
- <li>l'alignement de séquence ;</li>
- <li>l'interrogation rapide de banques de données avec des patrons de séquence ;</li>
- <li>l'identification de motifs protéiques et l'analyse de domaines ;</li>
- <li>l'analyse de motifs de séquences nucléotidiques, par exemple pour identifier
- des îlots CpG ou des répétitions ;</li>
- <li>l'analyse de l'utilisation des codons dans les petits génomes ;</li>
- <li>l'identification rapide de motifs dans des grands ensembles de séquences ;</li>
- <li>des outils pour présenter les résultats en vue d'une publication ;</li>
- <li>et bien plus...</li>
- </ul>
+<project name="Exonerate"
+ url="http://www.ebi.ac.uk/~guy/exonerate/";
+ license="LGPL"
+ deb="http://www.ebi.ac.uk/~guy/exonerate/debian/exonerate_1.0.0-1_i386.deb";>
+ Beaucoup de fonctions de la suite logicielle <q>Wise</q> pour l'alignement de
+ séquences ont été réimplémentées en C pour une plus grande efficacité.
+ Exonerate est un des composants utilisés pour la construction des banques de
+ données génomiques ENSEMBL, en calculant des scores de similarité entre des
+ séquences d'ADN et d'ARN, déterminant par la-même les variants d'épissage et
+ les séquences codantes en général.
</project>
@@ -917,6 +983,16 @@
<title-debs-not-available />
</h2>
+<project name="AutoDock"
+ url="http://autodock.scripps.edu/";
+ license="GPL">
+ AutoDock est une suite logicielle pour l'analyse moléculaire de l'interaction
+ entre un ligand et son récepteur.
+
+ Le programme AutoDock teste l'interaction d'un ligand avec un ensemble de grilles
+ décrivant la protéine cible. AutoGrid pré-calcule ces grilles.
+</project>
+
<project name="BALLView"
url="http://www.ballview.org/";
@@ -965,6 +1041,18 @@
</project>
+<project name="Galaxy"
+ url="http://g2.trac.bx.psu.edu/";
+ license="MIT">
+ Galaxy est une interface graphique web pour permettre à des utilisateurs
+ d'effectuer des opérations habituellement réservées à la ligne de commande,
+ comme la manipulation de séquences et d'annotations dans divers formats.
+ Galaxy est très lié avec l'explorateur de génome de l'université de
+ Californie Santa Cruz, et permet d'y représenter très aisément les
+ annotations modifiées.
+</project>
+
+
<project name="Genographer"
url="http://hordeum.oscs.montana.edu/genographer/";
license="GPL">
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