[RFR2] wml://www.debian.org/devel/debian-med/microbio.wml
Le Sat, Jul 15, 2006 at 11:52:22PM +0200, Max a écrit :
> Le 15/07/06, Cyril Brulebois a écrit :
> >Bonsoir,
> >
> >un (heureusement) petit diff de diff pour quelques typos.
>
> et un autre pour le compléter
Merci Max et Cyril. Voici une nouvelle rustine intégrant vos
corrections.
--
Charles
--- microbio.wml.vieux 2006-07-08 22:24:47.000000000 +0900
+++ microbio.wml 2006-07-16 00:01:32.000000000 +0900
@@ -103,6 +103,16 @@
href="#phylip">PHYLIP</a>.
</project>
+<project name="Dialign"
+ url="http://dialign.gobics.de/";
+ license="LGPL">
+ DIALIGN2 est un outil en ligne de commande pour effectuer des alignements
+ multiples de séquences protéiques ou nucléotidiques. Il construit les
+ alignements à partir de paires continues de segments similaires dans les
+ séquences. Le système de notation des alignements est différent entre DIALIGN
+ et les autres méthodes globales ou locales. Notez que DIALIGN n'utilise pas de
+ pénalités d'insertion ou d'extension.
+</project>
<project name="e-PCR"
url="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/sts/epcr.cgi";
@@ -259,6 +269,23 @@
</project>
+<project name="Kalign"
+ url="http://msa.cgb.ki.se/";
+ license="GPL"
+ deb="http://packages.debian.org/unstable/science/kalign";>
+ Kalign est un outil en ligne de commande pour effectuer des alignements
+ multiples de séquences. Il utilise l'algorithme Wu-Manber de reconnaissance de
+ chaîne, pour améliorer la précision et la vitesse de l'alignement. Il
+ effectue ses alignements selon une approche globale et progressive, par
+ laquelle les distances entre séquences sont calculées avec l'algorithme de
+ reconnaissance de chaîne, et les appariements locaux sont incorporés dans
+ l'alignement global. D'après les tests comparatifs faits par ses auteurs,
+ Kalign est environ dix fois plus rapide que ClustalW (cela dépend de la
+ taille de l'alignement), et jusqu'à cinquante fois plus rapide que les
+ méthodes itératives les plus répandues.
+</project>
+
+
<project name="Loki"
url="http://loki.homeunix.net/";
license="Modified BSD"
@@ -329,6 +356,17 @@
</project>
+<project name="PerlPrimer"
+ url="http://perlprimer.sourceforge.net/";
+ license="GPL"
+ deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/perlprimer/";>
+ PerlPrimer est une application graphique libre écrite en Perl pour
+ choisir des amorces pour des PCR standard, à bisulfite, en temps réel
+ et pour le séquençage. Son but est d'automatiser et de simplifier
+ le procédé de choix des amorces.
+</project>
+
+
<project name="PHYLIP"
url="http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html";
license="<non-free />"
@@ -344,6 +382,23 @@
</project>
+<project name="ProbCons"
+ url="http://probcons.stanford.edu/";
+ license="Public domain"
+ deb="http://packages.debian.org/unstable/science/probcons";>
+ Outil pour générer des alignements multiples de séquences protéiques.
+ Utilisant une combinaison de modèles probabilistes et de techniques
+ d'alignement basées sur la cohérence, PROBCONS atteint la plus haute
+ précision parmi les méthodes d'alignement disponibles au moment de sa
+ publication. Les résultats produits par PROBCONS à partir de la banque de
+ données d'alignements de banc d'essai BAliBASE sont significativement meilleurs
+ que ceux produits par d'autres programmes. Ils contiennent en moyenne
+ 7 % de colonnes correctement alignées en plus par rapport à T-Coffee,
+ 11 % de plus que ceux de Clustal W, et 14 % de plus qu'avec
+ Dialign.
+</project>
+
+
<project name="PyMOL"
url="http://pymol.sourceforge.net/";
license="<free />"
@@ -659,17 +714,6 @@
CDT venant de puces à ADN.
</project>
-<project name="PerlPrimer"
- url="http://perlprimer.sourceforge.net/";
- license="GPL"
- deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/perlprimer/";>
- PerlPrimer est une application graphique libre écrite en Perl pour
- choisir des amorces pour des PCR standard, à bisulfite, en temps réel
- et pour le séquençage. Son but est d'automatiser et de simplifier
- le procédé de choix des amorces.
-</project>
-
-
<project name="Primer3"
url="http://frodo.wi.mit.edu/primer3/primer3_code.html";
license="<free />"
@@ -682,7 +726,7 @@
<li>la température de fusion des oligonucléotides, leur taille, leur
contenu en GC et la possibilité de former des dimères ;</li>
<li>la taille du produit de PCR ;</li>
- <li>les contraintes positionelles dans la séquence source ;</li>
+ <li>les contraintes positionnelles dans la séquence source ;</li>
<li>diverses autres contraintes.</li>
</ul>
<p>
@@ -730,7 +774,7 @@
url="http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/treeviewx/";
license="GPL"
deb="http://mentors.debian.net/debian/pool/main/t/treeviewx/";>
- Treeview X est un programme pour afficher des arbres phylogénétiques sur
+ TreeView X est un programme pour afficher des arbres phylogénétiques sur
des plates-formes Linux et Unix. Il peut lire et afficher des arbres aux formats
NEXUS et Newick (typiquement produits par PAUP*, ClustalX, TREE-PUZZLE,
et d'autres programmes).
@@ -746,6 +790,19 @@
</h2>
+<project name="Amap"
+ url="http://bio.math.berkeley.edu/amap/";
+ license="Public Domain">
+ AMAP est un outil en ligne de commande pour effectuer des alignements
+ multiples de séquences peptidiques. Il utilise le décodage a posteriori, et
+ l'alignement par appariement de séquence, au lieu de la méthode
+ traditionnelle d'alignement progressif. C'est le seul programme permettant le
+ contrôle de la sensibilité et de la spécificité. Il est basé sur le code
+ source de ProbCons, mais utilise une métrique de précision et élimine la
+ transformation de cohérence.
+</project>
+
+
<project name="Cactus"
url="http://www.cactuscode.org/Community/Biology.html";
license="GPL">
@@ -766,16 +823,18 @@
</p>
</project>
-<project name="Dialign"
- url="http://dialign.gobics.de/";
- licence="LGPL">
- DIALIGN2 est un outil en ligne de commande pour effectuer des alignements
- multiples de séquences protéiques ou nucléotidiques. Il construit les
- alignements à partir de paires continues de segments similaires dans les
- séquences. Le système de notation des alignements est différent entre DIALIGN
- et les autres méthodes globales ou locales. Notez que DIALIGN n'utilise pas de
- pénalités d'insertion ou d'extension.
+
+<project name="ContrAlign"
+ url="http://contra.stanford.edu/contralign/";
+ license="Public Domain">
+ CONTRAlign est un environnement complètement automatique et extensible
+ d'apprentissage de paramètres pour l'alignement de séquences protéiques, basé
+ sur des paires de champs conditionnels aléatoires. L'environnement CONTRAlign
+ permet le développement de modèles d'alignement riches en descriptions qui se
+ généralise bien aux séquences jusqu'ici inconnues et évite la
+ suroptimisation du modèle en contrôlant sa complexité par régularisation.
</project>
+
<project name="Genographer"
url="http://hordeum.oscs.montana.edu/genographer/";
@@ -803,6 +862,43 @@
la boîte à outils PFTOOLS, qui sont aussi livrés avec les sources.
</project>
+
+<project name="POA"
+ url="http://sourceforge.net/projects/poamsa/";
+ license="GPL">
+ POA signifie Alignement d'Ordre Partiel (« Partial Order Aligment »
+ en anglais). C'est un programme rapide d'alignement multiple de séquences. Ses
+ points forts sont la vitesse, la déployabilité, la sensibilité et son
+ aptitude supérieure à gérer les branchements et les indels dans l'alignement.
+</project>
+
+
+<project name="ProAlign"
+ url="http://evol-linux1.ulb.ac.be/ueg/ProAlign/";
+ license="GPL">
+ ProAlign comprend une interface graphique permettant (i) d'effectuer des
+ alignements de séquences nucléotidiques ou peptidiques, (ii) de visualiser la
+ qualité des solutions, (iii) de filtrer les régions peu fiables des alignements
+ et (iv) d'exporter les alignements vers d'autres programmes.
+</project>
+
+
+<project name="Sigma"
+ url="http://www.imsc.res.in/~rsidd/sigma/";
+ license="GPL">
+ Sigma (simple alignement multiple glouton, « SImple Greedy Multiple
+ Alignment » en anglais), est un programme contenant un nouvel algorithme
+ et un nouveau système d'évaluation conçu tout particulièrement pour les
+ séquences non-codantes. Sigma utilise comme stratégie la recherche du
+ meilleur alignement local possible sans indel (stratégie utilisée auparavant
+ par DiAlign), calculant à chaque étape le meilleur alignement possible qui
+ soit cohérent avec les alignements existants, puis évalue la pertinence du
+ l'alignement à partir de la longueur des fragments alignés et d'un modèle de
+ bruit pouvant être fourni ou estimé à partir d'un fichier auxiliaire
+ contenant des séquences intergéniques.
+</project>
+
+
<project name="Staden"
url="http://staden.sourceforge.net/"; license="BSD">
Staden est un ensemble complet d'outils d'assemblage (Gap4), d'édition et
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