[RFR] wml://www.debian.org/devel/debian-med/microbio.wml
Bonjour à tous,
J'ai commis une infâme mise à jour en anglais de la page
« microbio.wml », à partir d'extraits de résumés d'articles pour décrire
des logiciels d'alignement de séquence (mon dada en ce moment), et je
suis bien puni puisque j'ai du traduire ce charabia incompréhensible en
français.
Je vous joins en pièce jointe le fruit de mes efforts, et je laisse dans
le corps du texte le résumé des différences entre les versions
anglaises. Notez que les paragraphes pour PerlPrimer et Dialign sont
juste déplacés ; ils ne sont pas modifiés.
Mille mercis à ceux qui me corrigeront.
Bon dimanche,
--
Charles Plessy
Wako, Saitama, Japon
> RCS file: /cvs/webwml/webwml/english/devel/debian-med/microbio.wml,v
> Working file: english/devel/debian-med/microbio.wml
> head: 1.62
> branch:
> locks: strict
> access list:
> symbolic names:
> keyword substitution: kv
> total revisions: 62; selected revisions: 2
> description:
> ----------------------------
> revision 1.62
> date: 2006/07/05 15:36:42; author: toddy; state: Exp; lines: +9 -9
> Fixed typos in license fields
> ----------------------------
> revision 1.61
> date: 2006/07/04 15:47:17; author: toddy; state: Exp; lines: +116 -21
> New projects, thanks to Charles Plessy
> =============================================================================
> Index: english/devel/debian-med/microbio.wml
> ===================================================================
> RCS file: /cvs/webwml/webwml/english/devel/debian-med/microbio.wml,v
> retrieving revision 1.60
> retrieving revision 1.62
> diff -u -r1.60 -r1.62
> --- english/devel/debian-med/microbio.wml 17 Apr 2006 12:37:10 -0000 1.60
> +++ english/devel/debian-med/microbio.wml 5 Jul 2006 15:36:42 -0000 1.62
> @@ -1,7 +1,7 @@
> <define-tag pagetitle>Debian-Med: Molecular Biology and Medical Genetics</define-tag>
> # Note to the translators: Please do *not* translate the following line.
> #use wml::debian::debian-cdd CDD="Debian-Med"
> -# $Id: microbio.wml,v 1.60 2006/04/17 12:37:10 kreutzm Exp $
> +# $Id: microbio.wml,v 1.62 2006/07/05 15:36:42 toddy Exp $
>
> ######################################################################
> ## Available as an official Debian package
> @@ -100,6 +100,19 @@
> </project>
>
>
> +<project name="Dialign"
> + url="http://dialign.gobics.de/";
> + license="LGPL"
> + deb="http://packages.debian.org/unstable/science/dialign";>
> + DIALIGN2 is a command line tool to perform multiple alignment of
> + protein or DNA sequences. It constructs alignments from gapfree pairs
> + of similar segments of the sequences. This scoring scheme for
> + alignments is the basic difference between DIALIGN and other global or
> + local alignment methods. Note that DIALIGN does not employ any kind of
> + gap penalty.
> +</project>
> +
> +
> <project name="e-PCR"
> url="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/sts/epcr.cgi";
> license="Public Domain"
> @@ -222,6 +235,22 @@
> </project>
>
>
> +<project name="Kalign"
> + url="http://msa.cgb.ki.se/";
> + license="GPL"
> + deb="http://packages.debian.org/unstable/science/kalign";>
> + Kalign is a command line tool to perform multiple alignment of
> + biological sequences. It employs the Wu-Manber string-matching
> + algorithm, to improve both the accuracy and speed of the alignment. It
> + uses global, progressive alignment approach, enriched by employing an
> + approximate string-matching algorithm to calculate sequence distances
> + and by incorporating local matches into the otherwise global
> + alignment. In comparisons made by its authors, Kalign was about 10
> + times faster than ClustalW and, depending on the alignment size, up to
> + 50 times faster than popular iterative methods.
> +</project>
> +
> +
> <project name="Loki"
> url="http://loki.homeunix.net/";
> license="Modified BSD"
> @@ -289,6 +318,18 @@
> </project>
>
>
> +<project name="PerlPrimer"
> + url="http://perlprimer.sourceforge.net/";
> + license="GPL"
> + deb="http://packages.debian.org/unstable/science/perlprimer";>
> + PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl
> + that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time
> + PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the
> + process of primer design. It nicely communicates with the Ensembl
> + project if online for further insights into the gene structure.
> +</project>
> +
> +
> <project name="PHYLIP"
> url="http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html";
> license="<non-free />"
> @@ -302,6 +343,22 @@
> </project>
>
>
> +<project name="ProbCons"
> + url="http://probcons.stanford.edu/";
> + license="Public domain"
> + deb="http://packages.debian.org/unstable/science/probcons";>
> + Tool for generating multiple alignments of protein sequences. Using
> + a combination of probabilistic modeling and consistency-based
> + alignment techniques, PROBCONS has achieved the highest accuracies of
> + all alignment methods to date. On the BAliBASE benchmark alignment
> + database, alignments produced by PROBCONS show statistically
> + significant improvement over current programs, containing an average
> + of 7% more correctly aligned columns than those of T-Coffee, 11% more
> + correctly aligned columns than those of CLUSTAL W, and 14% more
> + correctly aligned columns than those of DIALIGN.
> +</project>
> +
> +
> <project name="PyMOL"
> url="http://pymol.sourceforge.net/";
> license="<free />"
> @@ -592,17 +649,6 @@
> </project>
>
>
> -<project name="PerlPrimer"
> - url="http://perlprimer.sourceforge.net/";
> - license="GPL"
> - deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/perlprimer/";>
> - PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl
> - that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time
> - PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the
> - process of primer design.
> -</project>
> -
> -
> <project name="Primer3"
> url="http://frodo.wi.mit.edu/primer3/primer3_code.html";
> license="<free />"
> @@ -682,6 +728,19 @@
> </h2>
>
>
> +<project name="Amap"
> + url="http://bio.math.berkeley.edu/amap/";
> + license="Public Domain">
> + AMAP is a command line tool to perform multiple alignment of peptidic
> + sequences. It utilizes posterior decoding, and a sequence-annealing
> + alignment, instead of the traditional progressive alignment method. It
> + is the only alignment program that allows to control the sensitivity /
> + specificity tradeoff. It is based on the ProbCons source code, but
> + uses alignment metric accuracy and eliminates the consistency
> + transformation.
> +</project>
> +
> +
> <project name="Cactus"
> url="http://www.cactuscode.org/Community/Biology.html";
> license="GPL">
> @@ -701,15 +760,15 @@
> </project>
>
>
> -<project name="Dialign"
> - url="http://dialign.gobics.de/";
> - licence="LGPL">
> - DIALIGN2 is a command line tool to perform multiple alignment of
> - protein or DNA sequences. It constructs alignments from gapfree pairs
> - of similar segments of the sequences. This scoring scheme for
> - alignments is the basic difference between DIALIGN and other global or
> - local alignment methods. Note that DIALIGN does not employ any kind of
> - gap penalty.
> +<project name="ContrAlign"
> + url="http://contra.stanford.edu/contralign/";
> + license="Public Domain">
> + CONTRAlign is an extensible and fully automatic parameter learning
> + framework for protein pairwise sequence alignment based on pair
> + conditional random fields. The CONTRAlign framework enables the
> + development of feature-rich alignment models which generalize well to
> + previously unseen sequences and avoid overfitting by controlling model
> + complexity through regularization.
> </project>
>
>
> @@ -730,6 +789,16 @@
> </project>
>
>
> +<project name="POA"
> + url="http://sourceforge.net/projects/poamsa/";
> + license="GPL">
> + POA is Partial Order Alignment, a fast program for multiple sequence
> + alignment in bioinformatics. Its advantages are speed, scalability,
> + sensitivity, and the superior ability to handle branching / indels in
> + the alignment.
> +</project>
> +
> +
> <project name="PFTOOLS / Prosite Scan"
> url="ftp://us.expasy.org/databases/prosite/tools/ps_scan/sources";
> license="GPL">
> @@ -740,6 +809,31 @@
> </project>
>
>
> +<project name="ProAlign"
> + url="http://evol-linux1.ulb.ac.be/ueg/ProAlign/";
> + license="GPL">
> + ProAlign includes a graphical interface allowing to (i) perform
> + alignments of nucleotide or amino-acid sequences, (ii) view the
> + quality of solutions, (iii) filter the unreliable alignment regions
> + and (iv) export alignments to other softwares.
> +</project>
> +
> +
> +<project name="Sigma"
> + url="http://www.imsc.res.in/~rsidd/sigma/";
> + license="GPL">
> + Sigma ("Simple greedy multiple alignment") is an alignment program
> + with a new algorithm and scoring scheme designed specifically for
> + non-coding DNA sequence. Sigma uses a strategy of seeking the best
> + possible gapless local alignments (a strategy earlier used by
> + DiAlign), at each step making the best possible alignment consistent
> + with existing alignments, and scores the significance of the alignment
> + based on the lengths of the aligned fragments and a background model
> + which may be supplied or estimated from an auxiliary file of
> + intergenic DNA.
> +</project>
> +
> +
> <project name="Staden"
> url="http://staden.sourceforge.net/";
> license="BSD">
> @@ -756,3 +850,4 @@
> equivalent residues of two proteins based on the structure similarity
> and then output a TM-score.
> </project>
> +
--- microbio.wml.vieux 2006-07-08 22:24:47.000000000 +0900
+++ microbio.wml 2006-07-16 00:01:32.000000000 +0900
@@ -103,6 +103,16 @@
href="#phylip">PHYLIP</a>.
</project>
+<project name="Dialign"
+ url="http://dialign.gobics.de/";
+ license="LGPL">
+ DIALIGN2 est un outil en ligne de commande pour effectuer des alignements
+ multiples de séquences protéiques ou nucléotidiques. Il construit les
+ alignements à partir de paires continues de segments similaires dans les
+ séquences. Le système de notation des alignements est différent entre DIALIGN
+ et les autres méthodes globales ou locales. Notez que DIALIGN n'utilise pas de
+ pénalités d'insertion ou d'extension.
+</project>
<project name="e-PCR"
url="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/sts/epcr.cgi";
@@ -259,6 +269,23 @@
</project>
+<project name="Kalign"
+ url="http://msa.cgb.ki.se/";
+ license="GPL"
+ deb="http://packages.debian.org/unstable/science/kalign";>
+ Kalign est un outil en ligne de commande pour effectuer des alignements
+ multiples de séquence. Il utilise l'algorithme Wu-Manber de reconnaissance de
+ chaîne, pour améliorer la précision et la vitesse de l'alignement. Il
+ effectue ses alignements selon une approche globale et progressive, par
+ laquelle les distances entre séquences sont calculées avec l'algorithme de
+ reconnaissance de chaîne, et les appariements locaux sont incorporés dans
+ l'alignement global. D'après les tests comparatifs faits par ses auteurs,
+ Kalign est environ dix fois plus rapide que ClustalW (cela dépend de la
+ taille de l'alignement), et jusqu'à cinquante fois plus rapide que les
+ méthode itératives les plus répandues.
+</project>
+
+
<project name="Loki"
url="http://loki.homeunix.net/";
license="Modified BSD"
@@ -329,6 +356,17 @@
</project>
+<project name="PerlPrimer"
+ url="http://perlprimer.sourceforge.net/";
+ license="GPL"
+ deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/perlprimer/";>
+ PerlPrimer est une application graphique libre écrite en Perl pour
+ choisir des amorces pour des PCR standard, à bisulfite, en temps réel
+ et pour le séquençage. Son but est d'automatiser et de simplifier
+ le procédé de choix des amorces.
+</project>
+
+
<project name="PHYLIP"
url="http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html";
license="<non-free />"
@@ -344,6 +382,23 @@
</project>
+<project name="ProbCons"
+ url="http://probcons.stanford.edu/";
+ license="Public domain"
+ deb="http://packages.debian.org/unstable/science/probcons";>
+ Outil pour générer des alignements multiples de séquences protéiques.
+ Utilisant une combinaison de modèles probabilistes et de techniques
+ d'alignement basées sur la cohérence, PROBCONS atteint la plus haute
+ précision parmi les méthodes d'alignement disponibles au moment de sa
+ publication. Les résultats produits par PROBCONS à partir de la banque de
+ données d'aligments de banc d'essai BAliBASE sont significativement meilleurs
+ que ceux produits par d'autres programmes. Ils contiennent en moyenne
+ 7 % de colonnes correctement alignées en plus par rapport à T-Coffee,
+ 11 % de plus que ceux de Clustal W, et 14 % de plus qu'avec
+ Dialign.
+</project>
+
+
<project name="PyMOL"
url="http://pymol.sourceforge.net/";
license="<free />"
@@ -659,17 +714,6 @@
CDT venant de puces à ADN.
</project>
-<project name="PerlPrimer"
- url="http://perlprimer.sourceforge.net/";
- license="GPL"
- deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/perlprimer/";>
- PerlPrimer est une application graphique libre écrite en Perl pour
- choisir des amorces pour des PCR standard, à bisulfite, en temps réel
- et pour le séquençage. Son but est d'automatiser et de simplifier
- le procédé de choix des amorces.
-</project>
-
-
<project name="Primer3"
url="http://frodo.wi.mit.edu/primer3/primer3_code.html";
license="<free />"
@@ -682,7 +726,7 @@
<li>la température de fusion des oligonucléotides, leur taille, leur
contenu en GC et la possibilité de former des dimères ;</li>
<li>la taille du produit de PCR ;</li>
- <li>les contraintes positionelles dans la séquence source ;</li>
+ <li>les contraintes positionnelles dans la séquence source ;</li>
<li>diverses autres contraintes.</li>
</ul>
<p>
@@ -730,7 +774,7 @@
url="http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/treeviewx/";
license="GPL"
deb="http://mentors.debian.net/debian/pool/main/t/treeviewx/";>
- Treeview X est un programme pour afficher des arbres phylogénétiques sur
+ TreeView X est un programme pour afficher des arbres phylogénétiques sur
des plates-formes Linux et Unix. Il peut lire et afficher des arbres aux formats
NEXUS et Newick (typiquement produits par PAUP*, ClustalX, TREE-PUZZLE,
et d'autres programmes).
@@ -746,6 +790,19 @@
</h2>
+<project name="Amap"
+ url="http://bio.math.berkeley.edu/amap/";
+ license="Public Domain">
+ AMAP est un outil en ligne de commande pour effectuer des alignements
+ multiples de séquences peptidiques. Il utilise le décodage a posteriori, et
+ l'alignement par appariement de séquence, au lieu de la méthode
+ traditionnelle d'alignement progressif. C'est le seul programme permettant le
+ contrôle de la sensibilité et de la spécificité. Il est basé sur le code
+ source de ProbCons, mais utilise une métrique de précision et élimine la
+ transformation de cohérence.
+</project>
+
+
<project name="Cactus"
url="http://www.cactuscode.org/Community/Biology.html";
license="GPL">
@@ -766,16 +823,18 @@
</p>
</project>
-<project name="Dialign"
- url="http://dialign.gobics.de/";
- licence="LGPL">
- DIALIGN2 est un outil en ligne de commande pour effectuer des alignements
- multiples de séquences protéiques ou nucléotidiques. Il construit les
- alignements à partir de paires continues de segments similaires dans les
- séquences. Le système de notation des alignements est différent entre DIALIGN
- et les autres méthodes globales ou locales. Notez que DIALIGN n'utilise pas de
- pénalités d'insertion ou d'extension.
+
+<project name="ContrAlign"
+ url="http://contra.stanford.edu/contralign/";
+ license="Public Domain">
+ CONTRAlign est un environnement complètement automatique et extensible
+ d'apprentissage de paramètres pour l'alignement de séquences protéiques, basé
+ sur des paires de champs conditionnels aléatoires. L'environnement CONTRAlign
+ permet le développement de modèles d'alignement riches en descriptions qui se
+ généralise bien aux séquences jusqu'ici inconnues et évite la
+ sur-optimisation du modèle en contrôlant sa complexité par régularisation.
</project>
+
<project name="Genographer"
url="http://hordeum.oscs.montana.edu/genographer/";
@@ -803,6 +862,43 @@
la boîte à outils PFTOOLS, qui sont aussi livrés avec les sources.
</project>
+
+<project name="POA"
+ url="http://sourceforge.net/projects/poamsa/";
+ license="GPL">
+ POA signifie Alignement d'Ordre Partiel (« Partial Order Aligment »
+ en anglais). C'est un programme rapide d'alignement multiple de séquence. Ses
+ points forts sont la vitesse, la déployabilité, la sensibilité et son
+ aptitude supérieure à gérer les branchements et les indels dans l'alignement.
+</project>
+
+
+<project name="ProAlign"
+ url="http://evol-linux1.ulb.ac.be/ueg/ProAlign/";
+ license="GPL">
+ ProAlign comprend une interface graphique permettant (i) d'effectuer des
+ alignements de séquence nucléotidiques ou peptidiques, (ii) de visualiser la
+ qualité des solutions, (iii) de filtrer régions peu fiables des alignements
+ et (iv) d'exporter les alignements vers d' autres programmes.
+</project>
+
+
+<project name="Sigma"
+ url="http://www.imsc.res.in/~rsidd/sigma/";
+ license="GPL">
+ Sigma (simple alignement multiple glouton, « SImple Greedy Multiple
+ Alignment » en anglais), est un programme contenant un nouvel algorithme
+ et un nouveau système d'évaluation conçu tout particulièrement pour les
+ séquences non-codantes. Sigma utilise comme stratégie la recherche du
+ meilleur alignement local possible sans indel (stratégie utilisée auparavant
+ par DiAlign), calculant à chaque étape le meilleur alignement possible qui
+ soit cohérent avec les alignements existants, puis évalue la pertinence du
+ l'alignement à partir de la longueurs des fragments alignés et d'un modèle de
+ bruit pouvant être fourni ou estimé à partir d'un fichier auxiliaire
+ contentant des séquences intergéniques.
+</project>
+
+
<project name="Staden"
url="http://staden.sourceforge.net/"; license="BSD">
Staden est un ensemble complet d'outils d'assemblage (Gap4), d'édition et
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