Hola:
Como tampoco me gusta snap ni flatpak, una solución para mí a esto, además de lo que comenta N4ch0, ha sido usar AppImage. Tiene la bondad de que solamente se ejecuta cuando hace falta, algunos se pueden actualizar y si no quieres que ocupen espacio en disco duro, puedes tenerlos almacenados en un pendrive USB.
Desafortunadamente, no todos los programas que encuentras en snap o flatpak cuentan con versión en AppImage. Pero me parece una opción interesante a contemplar.
Saludos