Hola,
cada sistema de archivos tiene sus propias caracteristicas, algunas de las cuales son muy habituales en algunos sistemas de archivos y otras no.
Estas hablando de fat16 y fat32, sistemas de archivos muy diferentes a los que se usan hoy en dia. Muchas cosas que consideramos "normales" en un sistema de archivos actual ni se planteaban cuando fat16 y fat32 vieron la luz. Es decir, no le pidamos peras al olmo.
Dicho esto CREO recordar que por alguna parte de los sistemas de archivos soportados por el kernel estan aun disponibles si activas las opciones adecuadas. Puede que por ahi encuentres algo que te sirva.
Un saludo.
P.D. fat16 al dia de hoy, ya son ganas.