Hola Juan,
Si lo que quieres es implementar un sistema de backup entre Linux y Windows te recomiendo BackupPC, es facil, simple y hay mucha información en la web.
Si solo quieres sacar esos archivos de los Windows y llevarlos al Server Linux podrías instalar SAMBA en el Server Linux y luego montar la unidad en el archivo "/etc/fstab"
De esta manera te quedaría una carpeta en el Server Linux que haría de "acceso directo" a la carpeta en la PC windows.
Los pasos serian los siguientes:
1) instalar SAMBA en el Server Linux
2) crear un directorio "share" en /mnt/ con permisos de lectura y escritura
3) agregar en /etc/fstab la linea -> //pcwindows/unidad/directorio /mnt/share cifs auto,user=username,passd=pass
Donde username y pass son las credenciales del usuario de windows.
Espero que te sirva.
Saludos.