Que tengas linea de comandos y no escritorio no quiere decir que lo tengas que reiniciar con botón :P
e2fsck solo chequea los sistemas de archivos, no tiene que ver nada con peticiones de una misma IP :S (tu lógica es extraña).
Para bloquear exceso de peticiones, revisa la
configuración de tu servidor web (el programa específico, p.ej: apache,
cherokee, nginx, etc...) o lee acerca de iptables u otro software tipo
firewall.
Y con respecto a "como puedo solucionarlo ?"... para que
te den respuestas debes mostrar registros del software que te esté dando
problemas