La codificacion no parece ser el origen del problema, hice dos pequeños programas en C explicitamente para probarla y no dan problemas. Por otra parte, el ejemplo que has puesto no se si me sirve. El problema es meter datos numericos (int o char, principalmente) desde el programa en C a MySQL, y realizar lo mismo pero al reves. La salida del comando enc, segun entiendo lo que veo en man, es una cadena de texto, lo que me deja con las mismas.