Lo único raro que puede llegar a pasar, es que si tienes un disco IDE y conectas un SATA (o a la inversa).
A veces se embarulla el orden en que se levantan.
Pero si ambos son del mismo tipo, no debería existir problema.
Recomendación con la RAM:
Las máquinas nuevas tienen "dual channel", lo que implica colocar dos bancos de memoria que funcionen en paralelo.
El rendimiento de, por ejemplo, dos memorias de 1GB en "dual channel", es superior a un solo banco de 2GB.
El "dual channel" funciona sólo si ambas memorias instaladas son idénticas. (Yo me atrevería a exagerar y decir hasta la misma marca).