El problema no creo que lo tengas con beryl, sino con los drivers de la tarjeta gráfica. A mi me sucedió algo semejante: Instale los drivers propietarios de nvidia desde un fichero .run descargado de la web de nvidia sin antes desinstalar los paquetes de los drivers de nvidia que tiene debian en la sección non-free, las x funcionaban bien pero al reiniciar ya no funcionaban. Asi que, desintale todos los paquetes que tenía instalados de nvidia, creo que el problema era con el paquete nvidia-glx, y volvi a instalar los drives con el fichero .run y ya me funcionó bien. Esto de los driver propietarios es un castigo :(
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