Subversion sin ninguna duda. Es mejor que CVS sencillamente porque arregla sus
carencias, por ejemplo permite modificar el nombre de un archivo o moverlo a
otro sitio SIN que pierda su historial (en CVS se hace chapuceramente y se
pierde el historial, ya no puedes voler a versiones anteriores de ese
archivo).
No tengas ninguna duda, Subversion es el sustituto natural de CVS. Sólo tiene
sentido usar CVS si se trata de un proyecto que precisamente empezó con CVS.
Aprovecho para indicarte un manual es castellano de Subversion que es muy
bueno:
http://svnbook.red-bean.com/nightly/es/index.html