Hola
En La Espiral hay una receta (
http://laespiral.org/documentacion/recetas/bin/numero?27 ) para que
pueda funcionar gpm y las X a la vez.
A mi de vez en cuando me ocurre lo mismo (la verdad es que pasa pocas
veces), aunque en
mi caso es al entrar a gdm al arrancar la máquina (arranco en modo
gráfico, supongo que si
entrara directamente a WindowMaker el problema aparecería en el gestor).
En estos casos lo que suelo hacer es rearrancar gpm
/etc/init.d/gpm stop
/etc/init.d/gpm start
y vuelvo a tener ratón tanto en las X (que son las 3.3.6) como en Consola.