Cuando instalé ip-masquerading a mí me pasó lo mismo, desde la propia máquina no dejaba salir ningún ping que fuera a través de gateway y era porque ipchains me había puesto unas reglas muy restrictivas, con ipchains -L puedes ver todas las reglas que tienes instaladas y con el man puedes ir mirando el poner y quitar reglas hasta que tire. Saludos