Encontrei diversas vezes problemas semelhantes a este com pc´s e notebook´s.
Algumas
vezes resolvi o problema com atualizações na BIOS do equipamento,
outras alterando o modo de gerenciamento de energia também na BIOS do
equipamento, outras desativando o gerenciamento de energia do linux.
Ja
li sobre estes problemas com HD´s da Western Digital, eu os considero
excelentes, mas, talvez exijam alguma configuração diferente, a qual
desconheço.
Tu
podes tentar desativar o gerenciamento de energia do linux, criando um
novo perfil no gerenciador de energia, desativando assim todos os tempos
de desligamento e colocando o hardware com desempenho máximo.
Caso os travamentos não ocorram mais, tente criar um novo perfil, mas, deixando o HD sempre ativo.
E caso não resolva, tente verificar as opções de energia na BIOS do equipamento.
Por último atualize a BIOS, mas, tome cuidado e não esqueça de criar um backup da BIOS antiga, caso precise voltar a versão.
Abraço!