Eu não sei se é alguma biblioteca faltando, porque eu já instalei algumas maquinas com o basico do Debian Sarge (sem escolher qualquer uma das opcoes apresentadas de pacotes, como Desktop environment, Web server, etc) e após copiar os fontes do Kernel para o diretorio /usr/src/linux, o processo de compilacao foi direitinho.
Penso que a ocorrencia deste problema tem a ver com o arquivo de configuracao utilizado para compilar o kernel, e que algum parametro deste arquivo não reflete exatamente a configuracao fisica de sua maquina.
Após a instalacao do seu sistema, deve ter um config-alguma-coisa no /boot de sua maquina. Utilize este arquivo para comecar a configuracao de sua maquina. Após executar o comando make menuconfig, va para a opcao Load na Alternate Configuration File, e depois disso, "de-selecione" as opcoes que voce não necessita.
Feito isso, penso que sua compilacao deve funcionar. Abaixo, seguem os comandos que eu executo, e que funcionam muito bem comigo.
# make && make modules_install && make install
# mkinitrd -o /boot/initrd-2.6.13-mycomp.img /lib/modules/2.6.13-mycomp/
# cp arch/i386/boot/bzImage /boot/vmlinuz-2.6.13-mycomp
# cp System.map /boot/System.map-2.6.13-mycomp
# rm /boot/System.map
# ln -s /boot/System.map-2.6.13-mycomp /boot/System.map
# cd /
# ln -s /boot/vmlinuz-2.6.13-mycomp vmlinuz-mycomp
# vi /boot/grub/menu.lst
Adicionar estas linhas no arquivo
title Linux Compilado, kernel 2.6.13
root (hd0,0)
kernel /boot/vmlinuz-2.6.13-mycomp root=/dev/ida/c0d0p1 ro
initrd /boot/initrd-2.6.13-mycomp.img
savedefault
Boot