Dafür kannst Du gefacl und setfacl nehmen. Auf acl.bestbits.at gab es dazu auch mal ein howto, entweder finde ich das einfach nur nicht oder es wurde entfernt/ausgelagert.
Wäre es nicht möglich erst /etc/passwd und /etc/shadow zu übertragen und anschließend das alte /home - Verzeichnis als .tgz zu importieren um die Dateibereichtigungen entsprechend zu erhalten?
Oder spielen da noch andere Dateien mit. Ich entdecke da bespielsweise: /etc/passwd /etc/passwd- /etc/passwd.org sowie /etc/shadow /etc/shadow- /etc/shadow.org Das sind vermutlich verschiedene Backupversionen die Debian anlegt?