J'ai trouvé le problème. C'est bine lié à grub et plus particulièrement à l'UEFI. J'ai démarré depuis une clé USB UEFI refind et ça a rétablit la configuration comme il faut. Ça sens donc le bug dans grub sur le PC UEFI. Du coup j'ai fait les mises à jour sur mon portable qui n'est pas en UEFI et pas de soucis. Gaëtan