Je viens de lire sur le Net que ce format est limité à 30Go et qu'au
dessus de 30 Go utilisés sur la partition il risquait d'y avoir des
erreurs sur le FS.
Lu sur le site de Microsoft :
In theory, FAT32 volumes can be about 8 terabytes; however, the maximum FAT32 volume size that Windows XP Professional can format is 32 GB. Therefore, you must use NTFS to format volumes larger than 32 GB. However, Windows XP Professional can read and write to larger FAT32 volumes formatted by other operating systems.
Donc d'après moi, il s'agit d'une limitation propre à Windows et non au système de fichiers FAT32, je vois pas trop pourquoi tu risquerais de cramer ta partition. Après, il faudrait savoir ce que Microsoft entend par "En théorie"...