Если Вы все внимательно проверили, и пакета с поддержкой vaapiдействительно нет (сам бегло посмотрел только в сторону
debian-multimedia, и там вроде бы не вижу), тогда алгоритм для сборки
собственного пакета примерно такой:
1) Закачиваете исходные коды пакета:
% apt-get source mplayer
2) Добавляете в debian/rules опцию, активирующую vaapi.
Полагаю, это будет что-то вроде --enable-vaapi, но лучше уточните.
Но вообще, Андрей правильно говорит - чтобы собирать пакеты грамотно,
нужно почитать maint-guide. Его Вы найдете в одноименном пакете, ну или
в Web, как вариант.
> Или что ещё можно сделать?Можно поискать, может где уже есть собранный пакет.
Если у Вас видеокарта от Nvidia, то можете смело забыть про vaapi и
использовать vdpau. Поддержка vdpau есть в mplayer из репозитрия
debian-multimedia.