Вообще говоря, насколько мне известно - разные DE по-разному производят автомонтирование флешек. Так вот, про Gnome3 я ничего не знаю, так что это априори мой disclaimer. Так вот. Вы можете попробовать установить пакет usbmount. Это простой bash-скрипт, который монтирует флешки, плюс правила для udev, вызывающие этот скрипт. После его установки все должно заработать сразу же.