вроде как на месте: pool/main/l/lyx/lyx_1.6.7-1_i386.deb А что у вас в sources.list?
самый простой: deb http://ftp.us.debian.org/debian/ squeeze main contrib non-free deb-src http://ftp.us.debian.org/debian/ squeeze main contrib non-free deb http://security.debian.org/ squeeze/updates main deb-src http://security.debian.org/ squeeze/updates main