Здравствуйте.
Скорость записи зависит не от файловой системы, а от железа. Тормоза
при отмонтировании связаны с тем, что в этот момент на флешку
сбрасывается содержимое кеша.
У меня похожая ситуация. Флешка на 8ГБ. http://usbflashspeed.com/device/1945
В windows пишет достаточно быстро (Fat32 или NTFS - не имеет значения), около 6-7 мегабайт в сек (мерял секундомером от начала копирования до "это устройство можно извлечь" файлом в 416Мб).
Вставляю в debian. Скорость записи не более 0.5 мегабайт в сек. Такое ощущение, что линукс пишет блоками по 4к, а винда несколько бОльшими. Отформатировал в NTFS с кластером в 32кб (вместо умолчальных 4кб). Скорость записи в linux поднялась до ~2Мб/с, но всё равно ниже, чем в windows.