Насколько я помню, дело давно было, pbuilder создаёт чистое окружение
для сборки пакетов. То есть для сборки пакетов не используется
основная система. Соответственно не используются пакеты и библиотеки в
ней установленные. Исходя из этого можно предположить, что в "чистой"
системе не установлены пакеты необходимые для сборки beagle. Нужно их
туда каким-либо образом добавить.