Не очень ясно, версии разные в смысле `uname -r` или в смысле номера
версии deb пакета? И видеодрайверы -- это для nvidia?
Проще говоря, если у тебя в /lib/modules зоопарк поддиректорий, то что
мешает иметь в каждой из них по модулю видеодрайвера? (man ln, man cp)
Если это по каким-то причинам неприемлимо, всегда есть insmod, которому
можно указать полный путь к модулю.
Если же проблема в том, что видеодрайвер ставится из deb пакета, и
при установке новой версии старая версия удаляется, то чтобы можно было
установить кучу таких пакетов, надо, чтобы имена пакетов были разные,
например, чтобы в имя пакета входил номер твоей ревизии.