У меня тоже самое с SATA-винтами.
На разных машинах, с разными винтами (с абсолютно новыми в том числе),
с разными контроллерами, разными нагрузками.
Вот здесь подробно обсуждали это:
http://forum.ubuntu.ru/index.php?topic=23108.0
Как я понял, это баг в ядре, куча людей с ним сталкиваются и никаких
изменений в лучшую сторону не происходит.
Я этот баг впервые заметил вместе с 18 ядром в Etch.
Что делать - не знаю. Отключение NCQ мне не помогло. Смена
порта/кабеля, снижение link speed до 1.5 Gb джампером - помогает
ненадолго.