"unison gtk" + "sshfs""unison gtk" неплохо копирует удаленный сервер подмонтированный как директория с помощью sshfs - по отдельности их уже советовали, а вместе вообще замечалетьно работает, и на удаленном сервере ненужно ставить ничего кроме ssh (который уже наверняка есть) и с сертификатами авторизация работает.
-- Sincerely, Nicholas