У себя для бекапа баз 1С с виндовых серверов пользуюсь bacula - доволен всем, кроме сложности понимания с первого раза ее идеологии. После частичного понимания - все стало на свои места.ну или реорганизовать по другому бакапы
P.S. bacula имеет windows агент, который и занимается бэкапом.