Попробовал переехать на nfs-user-server эффекта не дало. Переход на ядро 2.6.18-4-686 так-же эффекта большого не дал. Увеличилась скорость с 50к до 500к. И это на 100 мегабитной линии между компами по кросу. :(
На интерфейсе при этом коллизии или ошибки есть ? Дело в том, что существует понятие о минимальной длине патчкорда (если я конечно не ошибаюсь). Обе ли карточки стоят в режиме 100-FD (поставьте руками а не autonegotiate).