Проблема решена с помощью http://www.g-loaded.eu/2006/01/10/how-to-configure-and-use-lirc/ всем спасибо за помощь
Написать скрипт, который будет проверять какое из приложений запущено и соответственно делать то что Вы от него хотите. Других путей решения проблем я не вижу :)