В системе на (hd0,0) (fat32) стоял загрузчик GRUB, установленный при инсталяции. Установленная Windows установленная там же прекрасно грузилась командами
rootnoverify (hd0,0)
root (hd0,7) здесь находится debian etch setup (hd0,0)
Мне кажется или "setup (hd0,0)" установит его в виндовый раздел? Что затрёт виндовый загрузчик, через который grub и загружает винду?
По ближайшему в гугле месту: http://www.fedoraforum.org/forum/showthread.php?t=975 написанно "setup (hd0)". Советую попробовать.