Пункта "дефолтный браузер" в настройках thunderbird не нашел - есть такой?
Надо делать хитрый финт ушами:
в ~/.thunderbird/<ля-ля-ля>.default/prefs.js пишем
user_pref("network.protocol-handler.app.http", "<дефолтный браузер>");
user_pref("network.protocol-handler.app.https", "<дефолтный браузер>");
работает в thunderbird 1.5.0.4