не понял, если файловые системы отмонтированы, из памяти все выгружено, винты отключены как прога будет запускаться?Насколько я понял из /etc/rc0.d/S40umountfs (sarge 3.1), / перемонтировывается в ro.
Еще вспоминаю Кноппикс, который мило манипулирует сидюковским треем при выключении/перезагрузке. При случае гляну что у него там в скриптах прописанно.