[wml] devel/debian-med/microbio.wml 1.15 > 1.16
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<h2>Biologia Molecular e Genética Médica</h2>
<h3><a id="ncbi-tools" name="ncbi-tools"
href="http://packages.debian.org/unstable/libs/ncbi-tools6";>ncbi-tools6</a></h3>
<p>
Bibliotecas NCBI para aplicações em biologia.
</p>
<p>
O pacote Debian é mantido ativamente por <a
href="mailto:ucko@debian.org";>Aaron M. Ucko</a>.
</p>
<p>
O <a href="http://packages.debian.org/unstable/misc/med-bio";>med-bio</a>
depende implicitamente deste pacote.
</p>
<h3><a id="seaview" name="seaview"
href="http://packages.debian.org/unstable/misc/seaview";>seaview</a></h3>
<p>
Um editor de alinhamento de sequências múltiplas.
</p>
<p>
O pacote Debian está órfão. Algum voluntário para assumir o pacote?
</p>
<p>
O <a href="http://packages.debian.org/unstable/misc/med-bio-contrib";>med-bio-contrib</a>
depende deste pacote.
</p>
<h3><a id="clustalw" name="clustalw"
href="http://packages.debian.org/unstable/science/clustalw";>clustalw</a></h3>
<p>
Um programa de alinhamento de sequências múltiplas.
</p>
<p>
O pacote Debian é mantido por <a href="mailto:tille@debian.org";>Andreas Tille</a>.
</p>
<p>
O <a href="http://packages.debian.org/unstable/misc/med-bio-contrib";>med-bio-contrib</a>
depende deste pacote.
</p>
<h3><a id="garlic" name="garlic"
href="http://packages.debian.org/testing/science/garlic";>garlic</a></h3>
<p>
Um programa livre para visualização molecular.
</p>
<p>
O pacote Debian é mantido por <a href="mailto:zucic@pref.etfos.hr";>Damir Zucic</a>.
</p>
<p>
O <a href="http://packages.debian.org/unstable/misc/med-bio";>med-bio</a>
depende deste pacote.
</p>
<h3><a id="phylip" name="phylip"
href="http://packages.debian.org/unstable/misc/phylip";>phylip</a></h3>
<p>
Um pacote de programas para dedução de filogenias.
</p>
<p>
O pacote Debian é mantido por <a
href="mailto:tille@debian.org";>Andreas Tille</a>.
</p>
<p>
O <a href="http://packages.debian.org/unstable/misc/med-bio-contrib";>med-bio-contrib</a>
depende deste pacote.
</p>
<h3><a id="treetool" name="treetool"
href="http://packages.debian.org/unstable/science/treetool";>treetool</a></h3>
<p>
Uma ferramenta interativa para mostrar árvores genealógicas.
</p>
<p>
O pacote Debian é mantido por <a
href="mailto:tille@debian.org";>Andreas Tille</a>.
</p>
<p>
O <a href="http://packages.debian.org/unstable/misc/med-bio-contrib";>med-bio-contrib</a>
depende deste pacote.
</p>
<h3><a id="molphy" name="molphy"
href="http://www.ism.ac.jp/software/ismlib/softother.e.html";>molphy</a></h3>
<p>
Pacote de Programas para Filogenética Molecular.
</p>
<p>
O pacote Debian é mantido por <a
href="mailto:tille@debian.org";>Andreas Tille</a>.
</p>
<p>
O <a href="http://packages.debian.org/unstable/misc/med-bio-contrib";>med-bio-contrib</a>
depende deste pacote.
</p>
<h3><a id="fastdnaml" name="fastdnaml"
href="http://packages.debian.org/unstable/science/fastdnaml";>fastdnaml</a></h3>
<p>
Uma ferramenta para construção de árvores filogenéticas de seqüências
de DNA.
</p>
<p>
O pacote Debian é mantido por <a
href="mailto:tille@debian.org";>Andreas Tille</a>.
</p>
<p>
O <a href="http://packages.debian.org/unstable/misc/med-bio";>med-bio</a>
depende deste pacote.
</p>
<h3><a id="bugsx" name="bugsx"
href="http://packages.debian.org/unstable/math/bugsx";>bugsx</a></h3>
<p>
Deriva biomorfismos utilizando algoritmos genéticos.
</p>
<p>
O Bugsx é um programa que desenha biomorfismos baseado em esboços
paramétricos de séries de seno e coseno de Fourier e permite que você
os altere utilizando algoritmos genéticos.
</p>
<p>
O pacote Debian é mantido pelo <a
href="mailto:porridge@qa.debian.org";> Grupo Debian QA</a>.
</p>
<p>
O <a href="http://packages.debian.org/unstable/misc/med-bio";>med-bio</a>
depende deste pacote.
</p>
<h3><a id="njplot" name="njplot"
href="http://packages.debian.org/unstable/science/njplot";>njplot</a></h3>
<p>
Um programa para desenhar árvore.
</p>
<p>
O pacote Debian é mantido por <a
href="mailto:tille@debian.org";>Andreas Tille</a>.
</p>
<p>
O <a href="http://packages.debian.org/unstable/misc/med-bio";>med-bio</a>
depende deste pacote.
</p>
<h3><a id="readseq" name="readseq"
href="http://packages.debian.org/unstable/science/readseq";>readseq</a></h3>
<p>
Conversão entre formatos de seqüências.
</p>
<p>
O pacote Debian é mantido por <a
href="mailto:tille@debian.org";>Andreas Tille</a>.
</p>
<p>
O <a href="http://packages.debian.org/unstable/misc/med-bio";>med-bio</a>
depende deste pacote.
</p>
<h3><a id="bioperl" name="bioperl"
href="http://packages.debian.org/unstable/science/bioperl";>bioperl</a></h3>
<p>
Ferramentas Perl para biologia molecular computacional.
</p>
<p>
O pacote Debian é mantido por <a
href="mailto:dopey@debian.org";>Matt Hope</a>
</p>
<p>
<a href="http://packages.debian.org/unstable/misc/med-bio";>med-bio</a>
depende deste pacote.
</p>
<h3><a id="hmmer" name="hmmer"
href="http://packages.debian.org/unstable/science/hmmer";>hmmer</a></h3>
<p>
Modela seqüências de proteínas ou nucleicas.
</p>
<p>
O pacote Debian é mantido por <a
href="mailto:matthew@debian.org";>Matthew Vernon</a>
</p>
<p>
<a href="http://packages.debian.org/unstable/misc/med-bio";>med-bio</a>
depende deste pacote.
</p>
<h3><a id="rasmol" name="rasmol"
href="http://packages.debian.org/unstable/science/rasmol";>rasmol</a></h3>
<p>
Visualização e renderização de moléculas
</p>
<p>
O pacote Debian é mantido por <a
href="mailto:tausq@debian.org";>Randolph Chung</a>
</p>
<p>
<a href="http://packages.debian.org/unstable/misc/med-bio";>med-bio</a>
depende deste pacote.
</p>
<h3><a id="tree-puzzle" name="tree-puzzle"
href="http://packages.debian.org/unstable/science/tree-puzzle";>tree-puzzle</a></h3>
<p>
Reconstrução de árvores filogenéticas por probabilidade máxima.
</p>
<p>
O pacote Debian é mantido por <a
href="mailto:tille@debian.org";>Andreas Tille</a>.
</p>
<p>
O <a href="http://packages.debian.org/unstable/misc/med-bio";>med-bio</a>
depende deste pacote.
</p>
<h3><a id="pymol" name="pymol"
href="http://packages.debian.org/unstable/science/pymol";>PyMOL</a></h3>
<p>
Um Sistema de Gráficos Moleculares OpenGL escrito em Python.
</p>
<p>
O pacote Debian é mantido por <a
href="mailto:mbanck@debian.org";>Michael Banck</a>.
</p>
<p>
O <a href="http://packages.debian.org/unstable/misc/med-bio";>med-bio</a>
depende deste pacote.
</p>
<h3><a id="emboss" name="emboss"
href="http://www.hgmp.mrc.ac.uk/Software/EMBOSS/";>EMBOSS - The
European Molecular Biology Open Software Suite</a></h3>
<p>
O <a href="name.html">EMBOSS</a> é um novo pacote de análise de
programas livres de Código Aberto especialmente desenvolvido para as
necessidades da comunidade de usuários de biologia molecular
(e.g. <a href="http://www.embnet.org/";>EMBnet</a>). Ele lida com dados
numa variedade de formatos e permite até a recuperação transparente de
seqüências de dados da web. Como bibliotecas extensas são fornecidas
com o pacote, ele também é uma plataforma que permite a outros
cientistas desenvolverem e distribuirem programas no verdadeiro
espírito do Código Aberto. O EMBOSS integra um extenso conjunto de
pacotes e ferramentas atualmente disponíveis para análise completa e
initerrupta de seqüências. Ele quebra a tendência
<a href="//www.emboss.org/history.html">historica</a>
em relação ao uso de pacotes de programas comerciais.
</p>
<h4>O conjunto EMBOSS</h4>
<ul>
<li>Oferece um conjunto abrangente de programas para análise de
seqüências (aproximadamente 100).</li>
<li>Fornece um conjunto de bibliotecas de programas essenciais
(AJAX e NUCLEUS).</li>
<li>Integra outros pacotes disponíveis publicamente.</li>
<li>Encoraja o uso do EMBOSS no treinamento de análise de seqüências.</li>
<li>Encoraja desenvolvedores de outros lugares a utilizar as
bibliotecas do EMBOSS.</li>
<li>Suporta todas as plataformas Unix comuns, incluindo Linux, Digital Unix,
Irix, Tru64Unix and Solaris.</li>
</ul>
<p>
Dentro do EMBOSS você encontrará aproximadamente 100 programas
(aplicativos).
Estas são apenas algumas das áreas cobertas:
</p>
<ul>
<li>Alinhamento de seqüências</li>
<li>Busca rápida em banco de dados com padrões de seqüências</li>
<li>Identificação de tema de proteina, incluindo análise de domínio</li>
<li>Análise de padrão de seqüência de nucleotideo, por exemplo
identificar ilhas ou repetições CpG.</li>
<li>Uso e análise de codon para pequenos genomas</li>
<li>Identificação rápida de padrões de seqüências em grandes conjuntos
de seqüências.</li>
<li>Ferramentas de apresentação para publicação</li>
<li>E muito mais.</li>
</ul>
<p>
Licença: GPL / LGPL
</p>
<p>
<a href="mailto:dopey@debian.org";>Matt Hope</a> preparou <a
href="http://debian.bioinformatics.unsw.edu.au/packages/";>pacotes
preliminares</a> para teste.
</p>
<h3><a id="smile" name="smile"
href="http://www-igm.univ-mlv.fr/~marsan/smile_english.html";>Smile</a></h3>
<p>
O SMILE é uma ferramenta que infere temas num conjunto de seqüências,
de acordo com alguns critérios. Foi criado inicialmente para inferir
locais excepcionais como locais de ligação em seqüências de DNA. Desde
a versão 1.4, permite inferir temas escritos em qualquer alfabeto
(mesmo corrompido) em qualquer tipo de seqüência.
</p>
<p>
A especificidade do SMILE está em permitir manipular o que chamamos de
"temas estruturados", que são temas associados por algumas restrições
de distância.
</p>
<p>
Há um pacote binário não oficial na <a
href="http://www-igm.univ-mlv.fr/~marsan/smile_english.html";>home
page</a> que foi debianizado por <a
href="mailto:marsan@univ-mlv.fr";>Laurent Marsan</a>. Se eu o entendi
bem, ele está procurando por um patrocinador para tornar seu pacote
oficial.
</p>
<p>
Liceça: GPL
</p>
<h3><a id="bioconductor" name="bioconductor"
href="http://www.bioconductor.org/";>Bioconductor</a></h3>
<p>
Bioconductor é um projeto de software de código e desenvolvimento aberto
pra provêr ferramentas para análise e compreensão de dados genômicos
(bioinformática).
</p>
<p>
O time principal do Bioconductor está baseado primariamente na Unidade de
Bioestatísticas do Instituto Dana Farber Cancer na Escola Médica de Harvard/
Escola de HArvard de Saúde Pública. Outros membros vêm de várias instituições
dos EUA e internacionais.
</p>
<p>Os objetivos abrangentes do projeto são:</p>
<ul>
<li>Prover acesso para uma grande gama de poderosos métodos gráficos e
estatísticos para a análise de dados genômicos;</li>
<li>Facilitar a integração de metadados biológicos na análise de dados
experimentais como dados literários da PubMed, dados de anotações da
LocusLink;</li>
<li>Permitir o desenvolvimento rápido de software extensivel, escalável e
interoperável;</li>
<li>Promover documentação de alta qualidade e pesquisa reproducível;</li>
<li>Prover trainamento em métodos computacionais e estatísticos para a
análise de dados genômicos.</li>
</ul>
<p>
Licensa: [L]GPL
</p>
<h3><a id="arb" name="arb" href="http://www.arb-home.de/";>ARB</a></h3>
<p>
Pacote integrado para manipulação e análise de dados biológicos.
Muitos dos programas mencionados acima são usados pelo ARB.
</p>
<p>
Pacotes Debian preliminares para teste podem ser disponibilizados,
basta solicitar ao <a href="mailto:tille@debian.org";>Andreas
Tille</a>.
</p>
<p>
Licença: A ser esclarecida.
</p>
<h3><a id="gromacs" name="gromacs" href="http://www.gromacs.org/";>GROMACS</a></h3>
<p>
GROMACS é um versátil pacote para realizar dinâmicas moleculares, isto é,
simular as equações Newtonianas do movimento para sistemas com centenas de
milhares a milhões de partículas.</p>
<p>
Ele é, primariamente, designado para moléculas bioquímicas como proteínas e
lipídios que têm numerosas interações complicadas, mas porque
o GROMACS é extremamente rápido ao calcular interações não-reativas (que
normalmente tem uma importancia muito grande nas simulações) muitos grupos
também usam-no para pesquisar sistemas não-biológicos, por exemplo os
polímeros.
</p>
<p>
GROMACS suporta todos os algorítmos usuas que você espera de uma
implementação moderna de dinâmicas moleculares, (veja o referência online ou
o manual para detalhes), mas há algumas características especiais que o fazem
ficar acima da competição.
</p>
<p>
License: GPL
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