[RFR2] wml://devel/debian-med/News/2009/20090214.wml
Le Fri, Mar 06, 2009 at 09:33:50AM +0100, Guillaume Delacour a écrit :
> Voici une première relecture (quelques oublis de "s" et deux typos).
Merci beaucoup, et désolé d'avoir pris du temps à répondre. Je viens d'envoyer
la version relue dans le référentiel (copie attachée).
Bonne journée,
Charles
--
Charles Plessy
Debian Med packaging team,
http://www.debian.org/devel/debian-med
Tsurumi, Kanagawa, Japan
<define-tag pagetitle>Quoi de neuf pour Debian Med dans Lenny ?</define-tag>
<define-tag release_date>2009-02-15</define-tag>
#use wml::debian::news
#use wml::debian::translation-check translation="1.2" maintainer="Charles Plessy"
<p>
Nous sommes fiers d'annoncer la première publication de Debian Med au sein de
<q>Lenny</q>, la nouvelle <a href="/releases/stable">distribution stable</a> du
système d'exploitation Debian.
</p>
<p>
Le projet <a href="http://www.debian.org/devel/debian-med/";>Debian Med</a>
montre sa bonne <q>santé</q> par la <a href="dmstats1.pdf">croissance
continue</a> de la liste des paquets qu'il propose et du <a
href="authorstat_med.pdf">nombre de ses contributeurs</a> réguliers. Notre
travail se concentre sur nos trois spécialités : l'imagerie, la
bioinformatique et la pratique médicale. Durant la préparation de Lenny, nous
avons mis en place de <a href="http://debian-med.alioth.debian.org/";>nouvelles
pages web dynamiques</a> qui présentent l'état actuel de notre projet.
</p>
<p>
Les <a href="http://debian-med.alioth.debian.org/tasks";>résumés par tâche</a>
seront probablement le meilleur point d'entrée pour les futurs utilisateurs de
Debian Med, car ils reflètent l'état des lieux en ce qui concerne notre travail
d'intégration des logiciels médicaux dans Debian. Ils fournissent une <a
href="http://debian-med.alioth.debian.org/tasks";>liste de paquets</a> prêts à
installer et sont en plus un point de contact pour les utilisateurs désirant
la prise en charge d'un programme particulier qui n'est pas encore disponible. Si
des logiciels manquent dans notre liste de paquets disponibles, n'hésitez pas à
consulter la partie résumant nos travaux en cours, et le cas échéant à nous
contacter pour demander leur addition.
</p>
<p>
En plus des pages dédiées aux utilisateurs, nous générons aussi des résumés
des bogues concernant les logiciels médicaux dans Debian. La <q><a
href="http://debian-med.alioth.debian.org/bugs";>page bugs</a></q> est utile aux
développeurs de Debian Med pour avoir un aperçu instantané des paquets
nécessitant une intervention.
</p>
<h2>Imagerie médicale</h2>
<p>
Nous avons préparé beaucoup de nouveaux paquets pour des programmes acceptant
les formats <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/DICOM";>DICOM</a> et Nifti,
qui sont des standards importants dans le domaine de l'imagerie médicale :
<a href="http://packages.debian.org/lenny/aeskulap";>Aeskulap</a>,
<a href="http://packages.debian.org/lenny/amide";>AMIDE</a>,
<a href="http://packages.debian.org/lenny/dicomnifti";>dinifti</a>,
<a href="http://packages.debian.org/lenny/fslview";>FSLview</a>,
<a href="http://packages.debian.org/lenny/imagej";>ImageJ</a>,
<a href="http://packages.debian.org/lenny/python-nifti";>PyNIfTi</a>.
Grâce à une rustine permettant l'utilisation de MySQL 5, nous pouvons
continuer de distribuer <a href="http://packages.debian.org/lenny/ctn";>CTN</a>
dans Lenny. Par contre, <a href="http://packages.debian.org/sid/ctsim";>CTSIM</a>,
qui dépend d'une vieille version de la banque de routines WxWidgets, n'y est pas
présente, mais reste disponible dans la branche instable de Debian. Lorsque CTSIM
pourra utiliser la version de WxWidgets de Lenny, le projet Debian Med préparera
un <a href="http://backports.org";>rétroportage</a> officiel.
</p>
<p>
Vous pouvez trouver tous les programmes pour l'imagerie médicale dans notre méta-paquet
<a href="http://debian-med.alioth.debian.org/tasks/imaging.html";><code>med-imaging</code></a>.
</p>
<h2>Analyse de séquence et bioinformatique.</h2>
<p>
Cette nouvelle version stable de Debian a vu arriver
<a href="http://packages.debian.org/lenny/emboss";>EMBOSS</a>, une collection très
complète d'outils pour l'analyse de séquence, avec l'une de ses interfaces web,
<a href="http://packages.debian.org/lenny/emboss-explorer";>EMBOSS Explorer</a>,
que vous pouvez utiliser localement, sur votre intranet ou sur Internet après
une installation qui se limite à saisir la commande <q><code>aptitude install
emboss-explorer</code></q>.
</p>
<p>
Debian Med distribue maintenant les programmes d'alignement multiple des
séquences les plus connues. L'un d'entre eux,
<a href="http://packages.debian.org/lenny/t-coffee";>T-Coffee</a>, peut fonctionner
comme un méta-aligneur (<q>M-Coffee</q>), qui lance les programmes et combine
leurs résultats dans un alignement de meilleure qualité. Son auteur nous a
fait l'honneur de développer pour nous une version qui ne dépend que de
logiciels libres, <q>DM-Coffee</q>, dans laquelle
<a href="http://packages.debian.org/lenny/clustalw";>Clustal W</a> a été
remplacé par <a href="http://packages.debian.org/lenny/kalign";>Kalign</a>.
</p>
<p>
Dans cette première distribution de Debian Med, vous trouverez aussi
des programmes pour la biologie structurale qui sont directement
utiles à la médecine. La suite
<a href="http://packages.debian.org/lenny/autodock";>AutoDock</a> permet
d'évaluer l'affinité de métabolites pour leurs récepteurs protéiques,
ce qui est le cœur de la recherche de nouveaux médicaments <em>in silico</em>.
Les méta-paquets de Debian Med installent aussi d'autres logiciels de
biologie structurale empaquetés par la communauté Debian Science,
comme Gromacs ou PyMol.
</p>
<p>
Vous pouvez trouver tous les programmes de bioinformatique et d'analyse de
séquence dans notre méta-paquet
<a href="http://debian-med.alioth.debian.org/tasks/bio.html";><code>med-bio</code></a>.
</p>
<h2>Diversification des logiciels médicaux.</h2>
<p>
Debian Med couvre un large champ touchant à la médecine, avec par exemple des
logiciels aidant les gens à prendre soin de leur santé et de leur corps (<a
href="http://packages.debian.org/lenny/pondus";>Pondus</a>), des logiciels pour
étudier la diffusion des épidémies
(<a href="http://packages.debian.org/lenny/epigrass";>Epigrass</a>), et des
programmes pour organiser le travail des praticiens médicaux
(<a href="http://packages.debian.org/lenny/gnumed-client";>GNUMed</a>). Le
<a href="http://packages.debian.org/experimental/gnumed-server";>serveur GNUmed</a>
n'est pas encore disponible comme paquet Debian stable, mais peut être trouvé
dans notre section expérimentale pour ceux voulant nous aider à faire des tests.
</p>
<p>
Vous pouvez trouver les programmes se rapportant à la santé et à la médecine
dans nos méta-paquets
<a href="http://debian-med.alioth.debian.org/tasks/practice.html";><code>med-practice</code></a>,
<a href="http://debian-med.alioth.debian.org/tasks/epi.html";><code>med-epi</code></a>, et
<a href="http://debian-med.alioth.debian.org/tasks/tools.html";><code>med-tools</code></a>.
</p>
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