[RFR] wml://devel/debian-med/microbio.wml
Bonjour à tous,
voici deux additions sur la page microbio.wml.
Bon dimanche,
--
Charles Plessy
http://charles.plessy.org
Wako, Saitama, Japan
Index: microbio.wml
===================================================================
RCS file: /cvs/webwml/webwml/french/devel/debian-med/microbio.wml,v
retrieving revision 1.22
diff -u -r1.22 microbio.wml
--- microbio.wml 9 Sep 2007 02:48:21 -0000 1.22
+++ microbio.wml 14 Oct 2007 09:07:51 -0000
@@ -1,6 +1,6 @@
<define-tag pagetitle>Debian-Med : Biologie moléculaire et génétique</define-tag>
-#use wml::debian::translation-check translation="1.85" maintainer="Charles Plessy"
+#use wml::debian::translation-check translation="1.87" maintainer="Charles Plessy"
#use wml::debian::debian-cdd CDD="Debian-Med"
#$Id: microbio.wml,v 1.22 2007/09/09 02:48:21 charles-guest Exp $
@@ -975,11 +975,29 @@
<project name="AutoDock"
url="http://autodock.scripps.edu/";
license="GPL">
+ <p>
AutoDock est une suite logicielle pour l'analyse moléculaire de l'interaction
entre un ligand et son récepteur.
-
+ </p><p>
Le programme AutoDock teste l'interaction d'un ligand avec un ensemble de grilles
décrivant la protéine cible. AutoGrid pré-calcule ces grilles.
+ </p>
+</project>
+
+
+<project name="AxParafit"
+ url="http://icwww.epfl.ch/~stamatak/AxParafit.html";
+ license="GPL">
+ AxParafit et AxPcoords sont des versions hautement optimisées des programmes
+ <a
+ href="http://www.bio.umontreal.ca/casgrain/en/labo/parafit.html";>Parafit</a>
+ et <a
+ href="http://www.bio.umontreal.ca/casgrain/en/labo/distpcoa.html";>DistPCoA</a>
+ de Pierre Legendre pour l'analyse statistique de la coévolution
+ hôte-parasite. AxParafit a été parallélisé avec <acronym lang="en"
+ title="Message Passing Interface">MPI</acronym>. L'article scientifique
+ décrivant ces logiciels comporte la plus large analyse co-évolutionnaire
+ jamais effectuée jusqu'à présent.
</project>
@@ -1028,7 +1046,36 @@
généralise bien aux séquences jusqu'ici inconnues et évite la
suroptimisation du modèle en contrôlant sa complexité par régularisation.
</project>
-
+
+
+<project name="Dialign-T"
+ url="http://dialign-t.gobics.de/";
+ license="LGPL">
+ <p>
+ DIALIGN-T est un outil en ligne de commande pour l'alignement multiple de
+ séquences protéiques ou nucléiques. Dans cette version, l'approche par
+ segments de DIALIGN 2.2 a été complètement revisitée, et les alignements
+ produits sont meilleurs grâce à de nouvelles optimisations et heuristiques.
+ Pour l'alignement par paires, DIALIGN-T utilise un algorithme de chaînage
+ de fragments qui favorise les chaînes d'alignements locaux à faibles scores
+ par rapport aux fragments isolés ayant de hauts scores. Pour les
+ alignements multiples, DIALIGN-T utilise une procédure gloutonne qui est
+ moins sensible aux fausses similarités locales. DIALIGN-T a été publié dans
+ Amarendran R. Subramanian, Jan Weyer-Menkhoff, Michael Kaufmann, Burkhard
+ Morgenstern: DIALIGN-T: An improved algorithm for segment-based multiple
+ sequence alignment. BMC Bioinformatics 2005, 6:66.
+ </p>
+ <p>
+ DIALIGN-T est utilisé par dm_coffee, un mode spécial de t_coffee
+ spécialement préparé pour Debian, dans lequel les programmes d'alignement
+ non-libres ont été remplacés par des alternatives libres.
+ </p>
+ <p>
+ Le paquet est <a href="http://bugs.debian.org/445983";>en cours</a> de
+ préparation.
+ </p>
+</project>
+
<project name="Galaxy"
url="http://g2.trac.bx.psu.edu/";
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