[RFR] wml://www.debian.org/devel/debian-med/microbio.wml
Bonjour à tous.
Une petite rustine pour mettre à jour la page
wml://www.debian.org/devel/debian-med/microbio.wml, dont la version
anglaise a été changée récemment.
Cette rustine contient aussi deux corrections de typos et deux
modifications techniques qui vont être l'objet de la prochaine mise à
jour de la version anglaise, c'est pourquoi elle se réfère à un numéro
de version n'existant pas encore.
Bonne journée,
--
Charles Plessy
http://charles.plessy.org
Wako, Saitama, Japan
--- microbio.wml.avant 2006-08-09 21:38:17.000000000 +0900
+++ microbio.wml_fr 2006-08-09 22:19:25.000000000 +0900
@@ -1,6 +1,6 @@
<define-tag pagetitle>Debian-Med : Biologie moléculaire et génétique</define-tag>
-#use wml::debian::translation-check translation="1.60" maintainer="Charles Plessy"
+#use wml::debian::translation-check translation="1.64" maintainer="Charles Plessy"
#use wml::debian::debian-cdd CDD="Debian-Med"
#$Id: microbio.wml,v 1.10 2006/08/08 16:08:55 thuriaux Exp $
@@ -53,6 +53,23 @@
</project>
+<project name="BioSQUID"
+ url="http://selab.wustl.edu/cgi-bin/selab.pl?mode=software";
+ license="GPL"
+ deb="http://packages.debian.org/unstable/science/biosquid";>
+ <p>
+ BioSQUID est une bibliothèque de routines C pour l'analyse de séquence.
+ Elle est livrée avec quelques petits programmes pour convertir, afficher
+ quelques statistiques, manipuler, et effectuer d'autres tâches sur des
+ fichiers de séquences.
+ </p>
+ <p>
+ BioSQUID s'est d'abords appelée SQUID, mais a été renommée dans Debian sur
+ les conseils de son auteur, Sean Eddy.
+ </p>
+</project>
+
+
<project name="BLAST2"
url="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/";
license="<free />"
@@ -78,7 +95,7 @@
<project name="Bugsx"
url="http://linux.tucows.com/preview/9082.html";
- license="GPL"
+ license="<non-free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/math/bugsx";>
<p>
Faites évoluer des biomorphes avec des algorithmes génétiques.
@@ -136,7 +153,7 @@
devraient consulter la documentation de DNAML avant d'utiliser ce programme.
FastDNAml est une tentative de résoudre le même problème que DNAML, mais plus
vite et en utilisant moins de mémoire, de manière à ce que des grands arbres
- et/ou un grand nombre de replicas « bootstrap » soient possibles. La
+ et/ou un grand nombre de répliquas « bootstrap » soient possibles. La
principale modification de fastDNAml par rapport à DNAML 3.3 de PHYLIP est
d'avoir été porté de PASCAL au C.
</project>
@@ -263,9 +280,17 @@
url="http://hmmer.wustl.edu/";
license="GPL"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/hmmer";>
- Hmmer est une suite logicielle qui utilise des profils de modèles
- de Markov cachés (profils HMM) pour modéliser la structure consensus
- primaire d'une famille de séquences protéiques ou nucléotidiques.
+ <p>
+ HMMER est une implémentation des profils modèles de Markov cachés pour
+ rechercher des séquences biologiques dans des banques de données en les
+ interrogeant avec des alignements multiples de séquences.
+ </p>
+ <p>
+ À partir d'un alignement multiple de séquences, HMMER construit un modèle
+ statistique appelé « modèle de Markov caché », qui peut ensuite
+ être utilisé pour interroger une banque de séquences afin de trouver plus
+ d'homologues à la famille de séquences, et éventuellement les aligner.
+ </p>
</project>
@@ -558,6 +583,17 @@
</project>
+<project name="TreeView X"
+ url="http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/treeviewx/";
+ license="GPL"
+ deb="http://mentors.debian.net/debian/pool/main/t/treeviewx/";>
+ TreeView X est un programme pour afficher des arbres phylogénétiques sur
+ des plates-formes Linux et Unix. Il peut lire et afficher des arbres aux formats
+ NEXUS et Newick (typiquement produits par PAUP*, ClustalX, TREE-PUZZLE,
+ et d'autres programmes).
+</project>
+
+
######################################################################
## Available as an inofficial Debian package
######################################################################
@@ -692,7 +728,7 @@
url="http://jmol.sourceforge.net/";
license="LGPL"
deb="http://debian.wgdd.de/debian/dists/unstable/contrib/binary-all/science/";>
- Jmol est une visonneuse de molécules libre, pour les étudiants, les
+ Jmol est une visionneuse de molécules libre, pour les étudiants, les
enseignants et les chercheurs en chimie et biochimie. Il fonctionne sur
plusieurs plates-formes, comme Windows, Max OS X et les systèmes
Linux/Unix.
@@ -770,15 +806,6 @@
et la qualité d'impression de TeX, pour un investissement en temps raisonnable.
</project>
-<project name="TreeView X"
- url="http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/treeviewx/";
- license="GPL"
- deb="http://mentors.debian.net/debian/pool/main/t/treeviewx/";>
- TreeView X est un programme pour afficher des arbres phylogénétiques sur
- des plates-formes Linux et Unix. Il peut lire et afficher des arbres aux formats
- NEXUS et Newick (typiquement produits par PAUP*, ClustalX, TREE-PUZZLE,
- et d'autres programmes).
-</project>
######################################################################
## Not available as a Debian package
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