Re: [RFR] wml://www.debian.org/devel/debian-med/microbio.wml
Bonsoir,
Voici une relecture.
Je ne me suis pas trop attaché au fond, n'étant absolument pas biologiste.
Sinon, j'ai rajouté des ...
Cordialement
Bernard
--- microbio.fr.wml 2005-09-25 17:46:10.810216080 +0200
+++ microbio.fr.relu.wml 2005-09-25 18:41:59.243176896 +0200
@@ -30,7 +30,7 @@
license="Perl Artistic License"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/bioperl";>
Le projet Bioperl a pour but de rassembler des méthodes utilisées en routine
- en bioinformatique dans un ensemble de modules Perl de type CPAN, bien
+ en bio-informatique dans un ensemble de modules Perl de type CPAN, bien
documentés et disponibles librement.
</project>
@@ -41,12 +41,12 @@
deb="http://packages.debian.org/unstable/python/python-biopython";>
<p>
Le projet Biopython est une association internationale de programmeurs
- d'outils libres en Python pour la bioinformatique.
+ d'outils libres en Python pour la bio-informatique.
</p>
<p>
C'est une collaboration décentralisée pour écrire des bibliothèques
en Python et des programmes qui répondent aux besoins présents
- et futurs en bioinformatique.
+ et futurs en bio-informatique.
</p>
</project>
@@ -56,7 +56,7 @@
license="<free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/blast2";>
Le célèbre programme d'alignement de séquences. Ceci est la version
- « officielle » numéro 2 du NCBI. Le programme
+ « officielle » numéro 2 du NCBI. Le programme
blastall accepte en entrée une séquence nucléotidique ou protéique,
la compare au contenu de banques de données, et renvoie à l'utilisateur
un résumé des appariements.
@@ -111,7 +111,7 @@
sous-séquences très similaires à des amorces de PCR et correctement
ordonnées, orientées et espacées, de manière à ce qu'il soit vraisemblable
que l'on puisse obtenir un produit de PCR d'une taille cohérente (Schuler,
- Genome Research 7:541-50, 1997).
+ Genome Research 7:541-50, 1997).
</project>
@@ -122,9 +122,9 @@
fastDNAml est un programme dérivé de la version 3.3 de DNAML écrite par
Joseph Felsenstein (dans le cadre de sa suite PHYLIP). Les utilisateurs
devraient consulter la documentation de DNAML avant d'utiliser ce programme.
- fastDNAml est une tentative de résoudre le même problème que DNAML, mais plus
+ FastDNAml est une tentative de résoudre le même problème que DNAML, mais plus
vite et en utilisant moins de mémoire, de manière à ce que des grands arbres
- et/ou des un grand nombre de replias « bootstrap » soient possibles. La
+ et/ou un grand nombre de replias « bootstrap » soient possibles. La
principale modification de fastDNAml par rapport à DNAML 3.3 de PHYLIP est
d'avoir été porté de PASCAL au C.
</project>
@@ -146,15 +146,15 @@
<p>
Garlic a été écrit pour l'analyse des protéines membranaires. Il permet
aussi de visualiser les autres protéines, ainsi que d'autres objets
- géométriques. Cette version de Garlic reconnaît le format PDB version 2.1.
+ géométriques. Cette version de Garlic reconnaît le format PDB version 2.1.
Garlic peut aussi être utilisé pour analyser des séquences protéiques.
</p>
<p>
- Parmi ses fonctions :
+ Parmi ses fonctions :
</p>
<ul>
<li>
- La position et l'épaisseur de la tranche sont visible dans une
+ La position et l'épaisseur de la tranche sont visibles dans une
petite fenêtre.
</li>
@@ -181,7 +181,7 @@
<li>
L'information sur un atome est disponible en déplaçant le pointeur de
la souris au-dessus de lui. Pas besoin de clic, il faut juste déplacer
- le pointeur au-dessus !
+ le pointeur au-dessus !
</li>
<li>
@@ -241,8 +241,8 @@
quantitatifs, mais cette restriction sera levée dans une version future.
L'estimation combinée du nombre de QTLs (Quantitative Trait Loci), de leur
position et de leurs effets est faite par un saut réversible MCMC (RJMCMC).
- Il est aussi possible de faire des analyses de type « affected only IBD
- sharing ».
+ Il est aussi possible de faire des analyses de type « affected only IBD
+ sharing ».
</project>
@@ -257,23 +257,23 @@
(écrits en C) :
</p>
<ul>
- <li>NucML: Inférence d'arbre phylogénétiques de séquences nucléotidiques par la méthode du maximum de vraisemblance.</li>
- <li>ProtST: Quelques chiffres à propos d'une séquence protéique.</li>
- <li>NucST: Quelques chiffres à propos d'une séquence nucléotidique.</li>
- <li>NJdist: Phylogénie <em>neighbor joining</em> à partir d'une matrice de distances.</li>
+ <li>NucML : Inférence d'arbre phylogénétiques de séquences nucléotidiques par la méthode du maximum de vraisemblance.</li>
+ <li>ProtST : Quelques chiffres à propos d'une séquence protéique.</li>
+ <li>NucST : Quelques chiffres à propos d'une séquence nucléotidique.</li>
+ <li>NJdist : Phylogénie <em>neighbor joining</em> à partir d'une matrice de distances.</li>
</ul>
<p>
Utilitaires écrits en Perl :
</p>
<ul>
- <li>mollist: récupère une liste d'identifiants.</li>
- <li>molcat: concatène deux séquences.</li>
- <li>molmerge: fusionne deux séquences.</li>
- <li>rminsdel: enlève les insertions et les délétions.</li>
- <li>molinfo: récupère les sites variants.</li>
- <li>inl2mol: Interleaved -> MOLPHY</li>
- <li>mol2phy: MOLPHY -> Sequential</li>
- <li>must2mol: MUST -> MOLPHY etc.</li>
+ <li>mollist : récupère une liste d'identifiants.</li>
+ <li>molcat : concatène deux séquences.</li>
+ <li>molmerge : fusionne deux séquences.</li>
+ <li>rminsdel : enlève les insertions et les délétions.</li>
+ <li>molinfo : récupère les sites variants.</li>
+ <li>inl2mol : Interleaved -> MOLPHY</li>
+ <li>mol2phy : MOLPHY -> Sequential</li>
+ <li>must2mol : MUST -> MOLPHY etc.</li>
</ul>
</project>
@@ -285,7 +285,7 @@
NJplot trace des arbres phylogénétiques exprimés dans un format standard
(comme par exemple le format utilisé dans le paquet Phylip). NJplot est
particulièrement utile pour enraciner les arbres sans tronc générés par des
- méthodes de construction telles que la parcimonie, la distance, ou la
+ méthodes de construction telles que la parcimonie, la distance ou la
vraisemblance maximale.
</project>
@@ -301,7 +301,7 @@
et la vraisemblance, ainsi que le boostrap et les arbres consensus. Les
types de données acceptés sont les séquences moléculaires, les fréquences de
gènes, les sites de restriction, les matrices de distance et les caractères
- discrets 0/1.
+ discrets 0/1.
</project>
@@ -310,7 +310,7 @@
license="<free />"
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/pymol";>
PyMOL est un système de représentation graphique incluant un interpréteur
- python. Il a été développé pour la visualisation en temps réel et la
+ python. Il a été développé pour la visualisation en temps réel et la
génération rapide d'images et d'animations de haute qualité. Il est
modifiable et disponible librement pour tous, sous licence
« python ». Bien que relativement récent, PyMOL peut
@@ -335,9 +335,9 @@
<p>
La version actuelle de R/qtl inclut des outils pour l'estimation de cartes
génétiques, l'identification d'erreurs de génotypage, la recherche de QTLs
- simples par balayage du génome, et la recherche de QTLs doubles par
+ simples par balayage du génome et la recherche de QTLs doubles par
balayage bidimentionnel du génome, par localisation d'intervalles (avec un
- algorithme EM), régression d'Haley-Knott, et imputation multiple. Tout ceci
+ algorithme EM), régression d'Haley-Knott et imputation multiple. Tout ceci
peut être fait en présence de covariants (comme le sexe, l'âge ou le
traitement). L'ajustement de modèles de QTLs d'ordre plus élevé sera
implémenté bientôt, ainsi que des techniques sophistiquées de comparaison
@@ -352,18 +352,18 @@
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/rasmol";>
<p>
RasMol est un programme de représentation graphique créé pour la
- visualisation de protéines, d'acides nucléiques, et de petites molécules.
- Ce programme vise à afficher, enseigner, et générer des images de haute
+ visualisation de protéines, d'acides nucléiques et de petites molécules.
+ Ce programme vise à afficher, enseigner et générer des images de haute
qualité pour la publication.
</p>
<p>
Les formats de fichiers reconnus actuellement sont entre autres celui de la
banque de données de protéines de Brookhaven (PDB), Alchemy et Sybil Mol2
- de Tripos, Mol de Molecular Design Limited (MDL), et XMol XYZ et CHARm du
+ de Tripos, Mol de Molecular Design Limited (MDL) et XMol XYZ et CHARm du
centre de calcul du Minesota (MSC).
</p>
<p>
- La molécule chargée peut être représentée sous forme de fil-de-fer, de
+ La molécule chargée peut être représentée sous forme de fil de fer, de
cylindres attachés par des bâtons (dreiding), de traçages de carbones
alphas, de sphères remplissant l'espace, de rubans macromoléculaires
(solides à l'ombre lissée ou tresses parallèles), de liaisons hydrogènes et
@@ -383,7 +383,7 @@
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/readseq";>
Lit et écrit des séquences nucléiques et protéiques dans divers formats. Les
fichiers de données peuvent contenir plusieurs séquences. Readseq est
- particulièrement utile parce qu'il détecte automatiquement les formats, et
+ particulièrement utile parce qu'il détecte automatiquement les formats et
peut les convertir.
</project>
@@ -405,7 +405,7 @@
deb="http://packages.debian.org/unstable/science/t-coffee";>
T-Coffee est un programme d'alignement multiple de séquences. À partir d'un
ensemble de séquences (protéines ou ADN), T-Coffee génère un alignement
- multiple. Les versions 2.00 et supérieures peuvent mélanger les séquences et
+ multiple. Les versions 2.00 et supérieures peuvent mélanger les séquences et
les structures.
</project>
@@ -481,21 +481,21 @@
<p>
Bioconductor est un logiciel libre à développement ouvert, pour fournir des
outils pour l'analyse et la compréhension de données génomiques
- (bioinformatiques)
+ (bio-informatiques).
</p>
<p>
- Le co½ur de l'équipe de Bioconductor est principalement basé à l'unité
- de Biostatitsitques de l'Institut Dana Farber de recherche sur le Cancer,
+ Le cœur de l'équipe de Bioconductor est principalement basé à l'unité
+ de Biostatistiques de l'Institut Dana Farber de recherche sur le Cancer,
de l'école de médecine de Harvard / école de santé publique de Harvard. D'autres
membres viennent de diverses institutions étasuniennes et internationales.
</p>
- <p>Les objectifs généraux du projet sont de :</p>
+ <p>Les objectifs généraux du projet sont de :</p>
<ul>
<li>
fournir l'accès à un grand nombre de méthodes statistiques et graphiques
puissantes, pour l'analyse de données génomiques ;</li>
<li>
- Faciliter l'intégration des métadonnées biologiques dans l'analyse des
+ faciliter l'intégration des métadonnées biologiques dans l'analyse des
données expérimentales, par exemple données sur la littérature provenant
de PubMed, annotations provenant de LocusLink ;
</li>
@@ -519,7 +519,7 @@
url="http://www.ebi.ac.uk/biomart/";
license="GPL"
deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/martj/";>
- BioMart est un système d'intégration des données simple et distribué, avec de
+ BioMart est un système d'intégration des données, simple et distribué, avec de
puissantes possibilités d'interrogation. Le modèle de données de BioMart a été
appliqué aux sources suivantes : les protéomes UniProt, la base de données
de structures macromoléculaires (MSD), Ensembl, Vega et dbSNP.
@@ -568,7 +568,7 @@
de séquence (une centaine).
</li>
<li>Fournit des bibliothèques, AJAX et NUCLEUS.</li>
- <li>Intègre des paquet disponibles indépendamment.</li>
+ <li>Intègre des paquets disponibles indépendamment.</li>
<li>Encourage l'utilisation d'EMBOSS pour l'enseignement de l'analyse de séquence.</li>
<li>Encourage les développeurs à utiliser les bibliothèques EMBOSS ailleurs.</li>
<li>Fonctionne sur toutes les plates-formes Unix classiques, comme Linux,
@@ -581,7 +581,7 @@
<ul>
<li>L'alignement de séquence.</li>
<li>L'interrogation rapide de banques de données avec des patrons de séquence.</li>
- <li>L'identification de motifs protéiques, et l'analyse de domaines.</li>
+ <li>L'identification de motifs protéiques et l'analyse de domaines.</li>
<li>L'analyse de motifs de séquences nucléotidiques, par exemple pour identifier
des îlots CpG ou des répétitions.</li>
<li>L'analyse de l'utilisation des codons dans les petits génomes.</li>
@@ -598,7 +598,7 @@
deb="http://debian.wgdd.de/debian/dists/unstable/contrib/binary-all/science/";>
Jmol est un visualisateur de molécules libre, pour les étudiants, les enseignants
et les chercheurs en chimie et biochimie. Il fonctionne sur plusieurs plates-formes,
- comme Windows, Max OS X, et les systèmes Linux/Unix.
+ comme Windows, Max OS X et les systèmes Linux/Unix.
<ul>
<li>JmolApplet est une applette pour navigateur web qui peut être
insérée dans des pages web.</li>
@@ -626,12 +626,12 @@
license="<free />"
deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/primer3/";>
<p>
- Primer3 choisit des amorce pour des réactions de polymérisation en chaîne,
+ Primer3 choisit des amorces pour des réactions de polymérisation en chaîne,
avec les critères suivants :
</p>
<ul>
<li>La température de fusion des oligonucléotides, leur taille, leur
- contenu en GC, et la possibilité de former des dimères.</li>
+ contenu en GC et la possibilité de former des dimères.</li>
<li>La taille du produit de PCR.</li>
<li>Les contraintes positionelles dans la séquence source.</li>
<li>Diverses autres contraintes.</li>
@@ -652,9 +652,8 @@
SMILE est un outil qui infère des motifs dans un ensemble de séquences,
d'après certains critères. Il a d'abords été créé pour inférer des sites
remarquables comme les sites de fixation sur une séquence d'ADN. À partir de
- la version 1.4, il permet d'inférer des motifs écrit dans tout alphabet,
- même dégénéré, pour tout type de séquence.
- séquences.
+ la version 1.4, il permet d'inférer des motifs écrit dans tout alphabet,
+ même dégénéré, pour tout type de séquences.
</p>
<p>
La spécificité de SMILE est de permettre de manipuler ce que l'on
@@ -704,7 +703,7 @@
url="http://www.cactuscode.org/Community/Biology.html";
license="GPL">
<p>
- Cactus est un environnement libre de résolution de problèmes crée
+ Cactus est un environnement libre de résolution de problèmes créé
pour les chercheurs et les ingénieurs. Sa structure modulaire permet
d'effectuer facilement du calcul parallèle avec plusieurs architectures
et permet aussi le développement collaboratif de programmes par plusieurs
@@ -715,7 +714,7 @@
progrès développés par la communauté académique, comme la boîte à outils
Globus Metacomputing, le système d'entrée-sortie parallèle de fichiers
HDF5, la bibliothèque PETSc, le démêlage adaptatif d'enchevêtrements
- (« adaptive mesh refinement» ), des interfaces web,
+ (« adaptive mesh refinement» ), des interfaces web
et des outils avancés pour la visualisation.
</p>
</project>
@@ -725,14 +724,14 @@
url="http://hordeum.oscs.montana.edu/genographer/";
license="GPL">
<p>
- Ce programme lit les données depuis un séquenceur ABI 3700, 3100, 377 ou
- 373, un CEQ 2000, ou un SCF, et les reconstruit sous forme d'une image de
+ Ce programme lit les données depuis un séquenceur ABI 3700, 3100, 377 ou
+ 373, un CEQ 2000, ou un SCF, et les reconstruit sous forme d'une image de
gel qui est redressée et redimentionnée. Des boîtes peuvent facilement être
- définie et visualisées comme des vignettes, ce qui donne un moyen assez
+ définies et visualisées comme des vignettes, ce qui donne un moyen assez
rapide et facile d'évaluer un gel.
</p>
<p>
- Ce programme est écrit en Java et utilise l'API 1.3. Ainsi, il
+ Ce programme est écrit en Java et utilise l'API 1.3. Ainsi, il
devrait fonctionner sur toute machine pouvant exécuter Java.
</p>
</project>
@@ -743,7 +742,7 @@
license="GPL">
<p>
GROMACS est un paquet polyvalent pour faire de la dynamique moléculaire,
- comme la simulation d'équation newtoniennes du mouvement de systèmes de
+ comme la simulation d'équations newtoniennes du mouvement de systèmes de
millions de particules.
</p>
<p>
@@ -766,7 +765,7 @@
<project name="PFTOOLS / Prosite Scan"
url="ftp://us.expasy.org/databases/prosite/tools/ps_scan/sources";
license="GPL">
- ps_scan est un programme perl utilisé pour rechercher un ou plusieurs motifs,
+ Ps_scan est un programme perl utilisé pour rechercher un ou plusieurs motifs,
règles et/ou profils de PROSITE dans une ou plusieurs séquences protéiques au
format Swiss-Prot ou FASTA. Il a besoin de deux programmes binaires de
la boîte à outils PFTOOLS, qui sont aussi livrés avec les sources.
@@ -777,7 +776,7 @@
url="http://www.bioinformatics.buffalo.edu/new_buffalo/people/zhang6/TM-align";
license="<free />">
TM-align est un programme d'alignement structural qui compare deux protéines
- de séquence différente. TM-align va d'abords rechercher les résidus les plus
+ de séquence différente. TM-align va d'abord rechercher les résidus les plus
équivalents dans les deux protéines, d'après la similarité de leurs
structures, puis ensuite produit un score « TM ».
</project>
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