dovrebbe eliminare solo la configurazione di sistema ma non la configurazione a livello utente.
Poi dipende da come il manutentore del pacchetto ha creato gli script di inizializzazione e rimozione del pacchetto.
No, è impossibile che apt o qualsiasi altro gestore di pacchetti rimuova dati da ~/.config o ~/.cache.
Apt non elimina mai dati che non sono stati installati con il pacchetto o generati da script di configurazione. I dati nella home non sono installati da apt ma vengono creati dai programmi quando vengono eseguiti.
Se ad esempio installo smplayer non succede niente nella mia
home. Solo dopo che l'utente avvia il programma per la prima volta
viene creata la dir ~/.config/smplayer (e aggiornata ogni volta
che modifico le impostazioni del programma). Quindi se rimuovo
smplayer con apt la directory di configurazione utente rimane
perché apt non puo' tracciare queste informazioni.