font grandi e piccini

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C'è una cosa che non capisco.
Perchè alcune applicazioni in linux, nonostante il font di sistema sia settato in maniera opportuna, continuano ad avere delle dimensioni abnormi?
Che altre indicazioni devo dare al sistema per convincerlo che le dimensioni dei fonts non devono superare i 12px?

Grazie

Valerio

p.s. la mia distro è un'ubuntu e, ovviamente, Gnome.