¿Y porqué querría abrir un archivo con Gedit cuando lo más fácil, cómodo y lógico es abrirlo con el navegador de archivos? Cada cosa en su lugar y con un fin específico. Gedit no es navegador de archivos, es editor de textos. Para abrir y ver archivos y carpetas ya están Konqueror, Nautilus, Dolphin, etc, etc., que son justamente éso: manejadores o navegadores de archivos. Si a cada cosa le das el uso para que fue creado entonces seguro que te ahorrás la mitad de los problemas.Facil, conecta tu pendrive y entra al escritorio KDE. Luego ejecuta gedit y presiona Ctrl-O para abrir un archivo. Te aparece el dialogo de seleccion de archivos. Notaras que en el panel de la izquierda no tenes el acceso al pendrive.
Ahora cerra KDE y entra a Gnome. Abri de nuevo gedit y pulsa Ctrl-O. Ahora veras la izquieda el acceso al pendrive.