Bueno, yo siempre he usado escritorios mixtos (en Debian y en Archlinux que son las dos distribuciones que habitualmente uso), por el hecho de que no veo la razón de prescindir de programas de uno u otro que me gusten y la verdad es que no he tenido tantos sobresaltos.
Normalmente instalo gnome (me gusta la apariencia de las Gtk) y sobre este cualquier programa kde, especialmente porque me encantan konqueror como manejador de archivos frente a nautilus, el k3b y el Amarox entre otros.
También he usado sistemas mixtos Fluxbox + progs Gtk + progs Qt y, siento discrepar, pero repito que para mi los problemas son menores y me compensa el hecho de tener el escritorio y las aplicaciones que realmente me gustan.
PD: El detalle de que Nautilus te cambió los iconos del escritorio y de otras apps, tal vez se solucionaría diciendole al sistema que Nautilus no dibuje el escritorio. Yo así lo hago y no he detectado nunca este inconveniente.
A esto me refiero. Los usuarios entendidos pueden hacer todo eso, combinar escritorios y servicios,
usar gconf para que Nautilus no dibuje el escritorio, etc.
Pero entendamos que esto es solo para algunos, y los sistemas operativos actuales deberian ser usables por personas que no saben, o no les interesa usar la sistema de ese modo.