Hattest du vielleicht /dev/sda3 im normalen Betrieb als du geupdatet hatest vielleicht nicht als /boot gemountet? Dann zerhaut es dir evtl. bei einen update deine ganze Konfiguration. Schonmal in /dev/sda6 geschaut und geschaut ob dort im /boot Verzeichnis die Kernel liegen? Und evtl. dann auch deine neue Boot Konfiguration oder ähnliches? /dev/sda1 & /dev/sda2 gibt es nicht, oder sind kein Linux etc.?