J'ai crié à l'aide un peu vite, finalement je m'en suis sorti tout seul. J'ai fait sudo lsof /var/cache/debconf/config.dat pour connaitre le processus qui bloquait, il s'agissait de frontend, j'ai killé frontend, j'ai pu exécuter dpkg --configure -a, et terminer la mise à jour. Voilà voilà, ça servira peut être un jour à d'autres.