Sem consolekit, várias funcionalidades "on demand", como colocar no teclado USB, usar dockstation, ou mesmo conectar outro monitor, essas não vão funcionar.
Vai se preciso alterar o xorg.conf e reiniciar o X.
Sobre segurança, o X inicializa como root, mas ele muda os privilégios logo em seguida. Assim como o ping (não notou que o ping é setuid como root?), é seguro usar. Usar startx ou xinit é apenas muito anos 90 pra década de 2010. Não vai te fazer parecer muito inteligente, mas só isso.
BTW acho que o consolekit tende a ser substituído pelo systemd.