Pessoal, resumindo meu problema, depois de recompilar o Kernel meu sistema não inicia, fiz um teste para ver se era algum módulo faltando e não era, pois no teste recompilei o Kernel com as configurações antigas e retirei apenas o suporte a virtualização. Na minha compilação utilizei o fonte do debian, no qual foi gerado um binário em /usr/src/linux-source-2.6.32 no diretório
arch/x86/boot, este binário se chama bzImage, o qual copio para o diretório /boot com o nome vmlinuz-modificado. Depois eu rodo o update-grub e ele reconhece tudo direitinho.
Uma coisa que notei, é que não é gerada a linha initrd para a imagem vmlinuz-modificado, sendo que existe a linha nas imagens antigas.
Tem alguma coisa a ver o initrd ?
O que posso estar fazendo de errado?