Geralmente nessas atualizações existe a necessidade de se fazer o
dist-upgrade mais de uma vez para que o sistema seja totalmente
atualizado. Acho importante que realize uma limpa no sistema. Muito
provavelmente bibliotecas antigas e outras dependências devem estar
ainda instaladas ou com configuração residual. Use o programa deborphan
e remova todas os pacotes indicados por ele. Para remover as
configurações residuais dos pacotes pode usar o comando:
# dpkg --get-selections | grep deinstall | cut -f 1 | xargs dpkg -P
Você pode rodar o comando acima sem o último pipe (tirando | xargs dpkg
-P) para ver o que será removido. E por fim, executar:
# aptitude -f install
Esse comando é bastante agressivo e pode remover muitos pacotes e
dependências. Mas se ele rodar direito, sem nenhuma mensagem de
instalação/remoção/configuração de pacotes seu sistema estará totalmente
limpo e atualizado ;).
Abraço.
Fabiano.