Anstatt deine Skripte in cron.daily oder cron.weekly einzutragen. Trage sie doch direkt in der crontab "crontab -e" ein. Dort kannst du dann selber alle Zeiten festlegen wann die Skripte ausgeführt werden. Ansonsten wenn du das nicht willst müsstest du schon wirklich mit Lockfiles anfangen, schauen ob der gleiche Prozess schon läuft, oder ein anderer läuft und darauf entscheiden ob du wartest, dich beendest etc.